Het voorm. Nieuwe Stads Weeshuis (Jacobijnerkerkhof 1) werd in 1675 gesticht ter plaatse en met behoud van delen van het oude pesthuis. Het carrévormige complex met binnenplein kreeg aan de zijde van het Jacobijnerkerkhof een ionisch poortje.
In 1884-'88 heeft men de oude westvleugel vervangen door een nieuwe vleugel met rijke neorenaissancegevel naar plannen van A.T. van Wijngaarden. Het weeshuis is in 1953 gesloten en huisvest sinds de herinrichting en restauratie in 1984-'86, het Fries Natuurmuseum (Schoenmakersperk 2).
De hoofdingang is toen verplaatst naar de westvleugel. De vroegere voogdenkamer bevat een monumentale marmeren schouw met beeldhouwwerk van Hermannus van Arnhem.
