Klaas van Berkel besluit zijn levensbericht voor de KNAW, waarvan Van Deursen sinds 1978 lid was, met een omschrijving van Van Deursen als 'een fenomenaal historicus, een van de groten van ons vak, vergelijkbaar met Johan Huizinga, Pieter Geyl, Jan Romein en Ernst Kossmann, en dat niet ondanks, maar juist dankzij het feit dat hij óók een belijdend gereformeerd historicus is geweest.
Opmerkelijk in deze studie is dat Van Deursen weet aannemelijk te maken dat Johan van Oldenbarnevelt geen arminiaan was, maar dat de kern van het verschil met Prins Maurits ging over het karakter van de kerk in de 17e eeuw.
De meestal vrij onderkoelde Van Deursen haalde in een bespreking in het Reformatorisch Dagblad van de Abraham Kuyper-biografie van Jeroen Koch hard uit naar Kochs manier van geschiedschrijving.
Van Deursen schrijft: "Daarmee raken we, denk ik, het hoofdprobleem. Koch heeft geen zicht op dat gereformeerde leven. Wel maakt hij ons op haast elke bladzijde duidelijk dat de gereformeerde wereldbeschouwing zijn goedkeuring moet missen. Koch benadert het calvinisme ongeveer zoals de superieure negentiende-eeuwse westerling die glimlacht over de dwaze afgoderij van primitieve inboorlingen." De begeleidingscommissie heeft de kritiek van Van Deursen van de hand gewezen.
In De Academische Boekengids van september 2006 verscheen een kritische bespreking van Van Deursens oeuvre door de niet-christelijke historicus Wim Berkelaar, een kenner van de gereformeerde wereld van de laatste twee eeuwen.
Het juryrapport van de Dr. Wijnaendts Franckenprijs en het dankwoord van Van Deursen zijn digitaal beschikbaar op de website van de Digitale bibliotheek voor de Nederlandse letteren.
