een sedert de tijd van Antonie van Leeuwenhoek zeer veel verbeterd instrument, dat door middel van een vernuftig systeem van lenzen (zie objectief2, oculair*) en een verlichtingsapparaat (condensor: Abbe) de te bestuderen voorwerpen (objecten) vele honderden malen kan vergroten. Cellen en microorganismen, die over het algemeen enkele duizendste millimeter groot zijn, kan men er dus goed mee bestuderen.
Dit geschiedt meestal met doorvallend licht en zeer geringe dieptevergroting, waartoe men het object in dunne plakjes snijdt en op een objectglaasje plakt; van vloeistoffen (bloed!) maakt men een dun uitstrjjkpreparaat. Behoudens wanneer men de fasecontrast microscoop (van Zernike) gebruikt, moet men zulke preparaten veelal kleuren om de verschillende delen goed van elkaar te kunnen onderscheiden. Oogheelkundigen hebben een speciale microscoop om het hoornvlies en de voorste oogkamer te onderzoeken bij hun patiënten. Door middel van de capillairoscoop kan men op enkele plaatsen van het lichaam ook de oppervlakkige haarvaten microscopiseren. Doch het zijn vooral de histologie, de pathologische anatomie en de bacteriologie, welke het meest aan de microscoop te danken hebben. zie ook electrönenmicroscoop en fasecontrastmicroscoop.