In het lichaam bevindt zich een b. op de slijmhuid van neus, keel, mond, dikke darm, schede die volstrekt niet ziekteverwekkend is maar tot afweer van infecties en tot bevordering van de stofwisseling moet dienen. Hiertoe behoren coli-soorten, streptococcen-soorten e.d.
Deze b. is fysiologisch en hoort bij een gezond organisme. Wanneer ze ontaardt of wanneer de ontwikkeling ervan verstoord wordt, dan leidt vorming van abnormale stoffen tot zelfvergiftiging. Stofwisseling en weerstand zijn verstoord. Hier moet de fysiologische b. opnieuw worden opgebouwd. Bacteriologisch onderzoek draagt bij om de soort van bacteriënstoornis te bepalen. Door toediening van oplossingen van gezonde bacteriën, door injectie van toepasselijke vaccins (symbiose-regeling), wordt de normale flora weer opgebouwd. Vooral na een behandeling met antibiotica of sulfonamiden moet men hierop bedacht zijn, omdat hierdoor niet alleen de ziekteverwekkende, maar ook de fysiologische bacteriën gedood kunnen worden.
