Ned. historicus en archivaris, *22.1.1848 Amsterdam. ✝ 5.12.1922 Utrecht; zoon van de bibliograaf Frederik Muller. 1874 gemeentearchivaris van Utrecht, 1879 eveneens rijksarchivaris aldaar. Aan het einde van Mullers loopbaan (1920) was de ordening en beschrijving van het gemeentearchief voltooid.
Propageerde vooral het zgn. herkomstbeginsel bij de ordening van archieven. Samen met R.J.Fruin en J.A.Feilh publiceerde hij de beroemde Handleiding voor het ordenen en beschrijven van archieven (1898; 2e dr. 1920). Werken: Middeleeuwsche rechtsbronnen der stad Utrecht (4 dln. 1883—85). Mr.Hugo Wstinc's Rechtsboek van de Dom (1895), Schetsen uit de Middeleeuwen (2 dln. 1900—14), Gesch. der Fundatiën te Utrecht (1900), Oud-Utrechtsche Vertellingen (1904), De Dom van Utrecht (1906). Oude huizen te Utrecht (1911): Oorkondenboek van het Sticht Utrecht I (1920); Gesch. van de Vereenigde Gods- en Gasthuizen te Utrecht II (1923).Litt. C.de Leur. De geschriften van Mr.Dr. S.Muller Fzn. (1914); G.W.Kernkamp, Van Menschen en Tijden I (1931); Cat. tent. Samuel Muller. Gemeentelijk Archief Utrecht (1974); F'.W.N.Hugcnholtz, S.Muller Fzn. als historicus (in: Jb. Oud-Utrccht, 1974); J.E.A.L.Struick, Een opmerkelijk archivaris, S.Muller Fzn. (in: SH, 1974).