Van de Groninger huishoudens is 98% aangesloten op een rioolwaterzuiveringsinstallatie (rwzi), waarvan er 32 in de provincie zijn. De grootste rwzi (300.000 inwoner-equivalenten) staat bij Garmerwolde.
Hierop is onder meer de stad Groningen aangesloten. In een rwzi wordt allereerst zand e.d. verwijderd. De belangrijkste functie is vervolgens dat met behulp van bacteriën organische verontreinigingen worden afgebroken en omgezet in bezinkbare stoffen. Dit slib wordt, nadat het van het meeste van zijn water is ontdaan, voor verdere verwerking afgevoerd. De meeste rwzi’s verwijderen zo’n 75% van de binnenkomende vracht aan stikstof en fosfaat. Het water dat de rwzi is gepasseerd, wordt geloosd op het oppervlaktewater. Zo loost de rwzi te Garmerwolde op het Eemskanaal.Industrieel afvalwater kan drie wegen volgen. Allereerst kan het op het openbare riool worden geloosd. Ongeveer 8% van het rioolwater van de rwzi’s bestaat uit zulk water. Een tweede mogelijkheid wordt toegepast door een tiental grotere industrieën met veel afvalwater dat rijk is aan organische verontreinigingen (suiker-, aardappelmeel- en zuivelfabrieken). Zij hebben een eigen rwzi. Tot slot zijn er enkele industrieën waarvan het gezuiverde afvalwater te veel zout bevat om op het provinciaal oppervlaktewater te mogen worden geloosd. Zij lozen hun afvalwater op zee via de vuilwaterafvoerleiding Hoogkerk-Waddenzee (nog één bedrijf te Bedum) en de veenkoloniale afvalwaterleiding die uitmondt in de Eems (drie bedrijven).
De rwzi’s worden sinds i januari 2000 beheerd door de waterschappen. De kosten worden door middel van heffingen door de inwoners en bedrijven opgebracht.