Behalve het Groninger Museum heeft Groningen ook een aantal kleinere musea, waarvan de meeste zich op een specifiek onderwerp richten. In de stad zijn dat het Volkenkundig Museum Gerardus van der Leeuw, het Noordelijk Scheepvaartmuseum, het Natuurmuseum, het Niemeijer Tabacologisch Museum en het Grafisch Museum.
In oprichting is het Nederlands Stripmuseum, dat zal worden gehuisvest in een nieuw bouwwerk aan de Westerhaven in Groningen. Een meervoudige opdracht onder striptekenaars leverde er het ontwerp voor van de hand van François Schuiten uit België. Tot de middelgrote streekmusea behoren het Veenkoloniaal Museum in Veendam en het Openluchtmuseum ’t Hoogeland in Warffum. Daarnaast zijn er Museum ’t Klooster in Ter Apel en het Streekhistorisch Centrum in Stadskanaal. Het museum van Appingedam is sinds 1998 gehuisvest in een historisch woonhuismonument en richt zich sedertdien als Museum Stad Appingedam op stadsgeschiedenis en stadstopografie. Tot de kleine curieuze musea behoren onder meer het Verzamelmuseum in Veendam, het Strijkijzermuseum in Noordbroek en het Kinderwagenmuseum in Nieuwolda.
