Te Amsterdam op den 15den Januari 1795 uit deftige, mennistische ouders geboren, werd door dezen reeds vroeg voor het doopsgezinde Seminarie bestemd. Door familie-omstandigheden genoodzaakt, moest hij echter op 15-jarigen leeftijd in het familie-kantoor plaats nemen, waar hij in 1815 zelf als chef optrad.
Hij huwde met Carolina Charlotte Boissevain. In den graanhandel deed hij zich kennen als vrijhandelaar.
Door zijn gelukkig en zelfstandig optreden als secretaris der Nederlandsche Handelmaatschappij, kwam hij zelfs in aanmerking voor minister van binnenlandsche zaken. Vooral tot den bloei der Twentsche industrie gaf De Clercq een krachtigen stoot.
Hoewel hij het tot directeur der bovengenoemde Handelmaatschappij had gebracht, zag hij zich in 1844 tot zijn teleurstelling het presidentschap niet opgedragen.Ondertusschen had de studie steeds de liefde van dezen diepgevoeligen man. Hij bezat weldra een uitgebreide kennis, beschikte over een rijp oordeel en wetenschappelijken zin, zooals zijn bekroonde verhandeling op letterkundig terrein meer dan overvloedig bewees. Ook de poëzie vond in dezen genialen geleerde een warm vereerder en beoefenaar. Beroemd is De Clercq geworden door zijn machtige improvisaties over tal van onderwerpen, waarbij hij zich meester toonde over den vorm.
Bovenal is hij geweest de man van het Réveil. Onvoldaan met de prediking van het oud-supranaturalisme, iets van de zaligheid van den dorst naar Qod ervarende, werd hij door middel van Da Costa tot bekeering gebracht. Sedert was hij de Jonathan van dezen David, de Melanchton van dezen Luther. De Nederlandsch Hervormde kerk kon nu weldra zijn idealen niet meer bevredigen en zelfs een man als Dr Kohlbrügge kreeg een tijdlang grooten invloed op zijn kinderlijk gemoed, waardoor er zelfs verwijdering tusschen Da Costa en De Clercq dreigde. Het Zwitsersch Réveil had ook de sympathie van dezen warm-voelenden man.
Steeds wordt De Clercq ons geteekend als de Christen met het rijke gemoed, met het kinderlijk hart. Nadruk werd door hem gelegd op het inwendige leven. Ook van Groen van Prinsterer werd hij een trouw vriend. Den 4den Februari 1844 werd de beminnelijke man plotseling gade, kroost en vrienden van het hart gescheurd. Groen getuigde van hem: „Willem de Clercq was een kind; ziedaar de grondtrek van zijn hart en bestaan, voor menschen en voor God”. Reeds sinds eenigen tijd hadden zijn intieme vrienden bemerkt, dat hij van de aardsche dingen al meer los werd en het hemelsche zijn gesprekken beheerschte.
Willem de Clercq is vooral te kennen uit zijn Dagboek, dat hij reeds op zijn 15de jaar begon te schrijven.