werd omstreeks het jaar 1576 te Uplewert in Oost-Friesland geboren. Zijn vader, een predikant, keerde enkele jaren later naar Friesland, zijn geboorteland, terug (in Bolsward).
Hier genoot Johannes het onderwijs van uitstekende schoolmeesters. Op 23 Mei 1591 werd hij als student aan de Franeker Hoogeschool ingeschreven en volgde hij o.a. het onderwijs van den beroemden Drusius en van Lubbertus.
Op 18-jarigen leeftijd schreef hij reeds een boekje, opgedragen aan de H.H. Staten van Friesland, op wier kosten hij studeerde.
Nog volgde hij o.m. het onderwijs van Paraeus en Tossanus te Heidelberg, van Beza te Genève (1597), van Raynoldus te Oxford en van Perkins te Cambridge. Zijn opleiding was dus uitstekend.
Op 23 September 1599 deed Bogerman zijn intrede te Sneek, waar hij vooral met de Mennonieten te kampen had. Hier gaf hij met een collega een Hollandsche vertaling van Beza’s geschrift over het straffen van ketters.
In 1602 trok hij naar Enkhuizen. In 1604 keerde hij echter naar zijn geliefd Friesland terug, te Leeuwarden als dienaar des Woords beroepen.
Hier bond hij allereerst den strijd aan met het Jezuïetisme en de Roomsche kerk.
Omstreeks dezen tijd begon Arminius zijn donkere schaduw op de Vaderlandsche kerk te werpen en ook Bogerman werd in de twisten tusschen Armijn en „Gommer” betrokken.
Tegen de benoeming van Vorstius, als opvolger van Arminius, kwam ook van Bogermans zijde fel verzet. Tegen Hugo de Groot schreef hij een boekje.
Een benoeming tot hoogleeraar aan Franekers Hoogeschool kon hij niet opvolgen, daar magistraat en kerkeraad te Leeuwarden weigerden hem ontslag te verleenen. Onderwijl steeg de achting, die hij in Friesland genoot.
Meermalen werd hij tot voorzitter van Frieslands particuliere Synode gekozen. Op de vergaderingen van de Contra-Remonstranten te Amsterdam (1615 en 1616) was ook Bogerman tegenwoordig.
Grooten invloed won hij bij den Calvinist Graaf Willem Lodewijk, die weer bewerkte, dat Prins Maurits na lang dralen de zijde der Contra-Remonstranten koos. In 1618 is Bogerman te ’s-Gravenhage, door Leeuwardens kerk aan Prins Maurits en de doleerende kerk aldaar geleend.
In al de geheimen der diplomatieke en kerkelijke wereld werd hij nu ingeleid. Toen eindelijk de lang gebeide Dordtsche Synode gehouden werd, koos men Bogerman tot haren voorzitter.
Voor dezen post was hij uitnemend geschikt.
Door zijn indrukwekkend uiterlijk, zijn prachtigen baard en groote welsprekendheid was hij een sieraad van de meer dan Nationale Synode.
Hoewel door een nierlijden bezocht, kweet hij zich loffelijk van zijn reuzen-taak. Tijdens de examinatie der gedaagde Remonstranten toonde hij een zelfbeheersching en vriendelijkheid, welke bewondering afdwongen.
Slechts bij de wegzending van de gedaagden liet hij aan zijn passiën den vrijen teugel, geprikkeld door het obstructie-voeren der Remonstranten. De eenheid der Synode, hoewel meermalen bedreigd, werd uitnemend door hem bewaard.
Ook werd hij tot een der overzetters van het Oude Testament benoemd. Na het sluiten der Synode stond Bogerman Prins Maurits en de Staten-Generaal met zijn raad bij, toog vervolgens naar Utrecht om te helpen bij het zuiveren der kerk en keerde in 1619 naar Leeuwarden terug.
De beroepen hier door Utrecht, Den Haag en Amsterdam op hem uitgebracht, bleven vruchteloos. In 1625 vinden we hem in ’s-Gravenhage bij het ziek- en sterfbed van Prins Maurits.
In November van dit jaar trok hij naar Leiden om als Bijbelvertaler op te treden, een arbeid, die hem tot 1636 geheel in beslag nam. Als een afgeleefd man keerde hij naar Friesland terug, aanvaardde 7 December 1636 zijn betrekking van professor aan Franekers Hoogeschool (reeds in 1633 was hij benoemd) en ontving 28 December zijn doctorstitel.
In Augustus 1637 lag hij op zijn ziekbed; hij overleed 11 September (kinderloos) in den ouderdom van 61 jaar. In zijn grafschrift heet hij o.m. een zeer welsprekend kerkredenaar, een geleerd theoloog, zeer bemind bij den vader des vaderlands, een man van onvergetelijke verdienste.
