Geboren 1521 te Lindau, studeerde te Wittenberg, werd diaconus te Jena, predikant te Isny en daarna predikant en hoogleeraar te Straatsburg. Hij zocht de confessio Tetrapolitana door de confessio Augustana te verdringen.
Op zijn aandringen werden de gereformeerde liederen uit het gezangboek te Straatsburg verwijderd en de Luthersche catechismus werd in de plaats van die van Bucer gesteld. De beelden werden weder in de kerk gebracht.
De predikant bij de Fransche vreemdelingengemeente Garnier werd uit Straatsburg verbannen. In 1556 werd hij door den Palzgraaf Otto Heinrich gebruikt tot reformator van diens land in Lutherschen geest.
Bij het colloquium te Worms was hij tegenwoordig. Hij keerde, nadat hij ook in Zweibrücken de Luthersche reformatie doorgevoerd had, naar Straatsburg terug.
Uit tegenzin tegen het interim (1558) legde hij zijn ambt neder. Spoedig daarna geraakte hij in twist met Zanchius, gereformeerd hoogleeraar te Straatsburg, over de onverliesbaarheid der genade, en hij verdedigde tegenover de Heidelbergsche theologen de leer der ubiquiteit.
Met Flacius kon hij het goed vinden en hij verklaarde evenals deze de erfzonde voor substantieel, maar, toen Andreae hem tegen Flacius waarschuwde, maakte hij zich van dezen los. Toen in 1577 de Formula concordiae verscheen, verklaarde hij deze voor de ware uitlegging der Confessio Augustana, maar hij kon den Raad niet tot invoering van de Formula concordiae bewegen.
In 1576 werd hij door den keurvorst Lodewijk voor den tweeden keer naar den Palz beroepen, om na het calvinistische intermezzo onder Frederik III, het Lutheranisme weer op den voorspoed te brengen. Marbach was de ijverige verdediger van het Lutheranisme.
Hij stierf in 1581.
