Tijdens de Oost-Indische Compagnie De verzorging van de Inlandsche gemeenten, overgenomen van de RoomschCatholieke kerk, èn de verbreiding van het Christendom onder heidenen en Mohammedanen, beschouwde de Oost-Indische Compagnie als een deel, zij het dan ook niet het eerste, van haar roeping. Uit de gevoerde correspondenties blijkt duidelijk, dat zij niet de bedoeling had, om daarbij positie te nemen tegenover de Vaderlandsche kerk, noch ook om in Indië een kerk te stichten, die met de Vaderlandsche geen verband had.
Alleen maar wilde zij zelf, óók in deze dingen, volledig zeggenschap houden, en zij heeft dat ook steeds weten te bewaren, hoeveel moeilijkheden en verwikkelingen dat met zich brengen mocht.Daar zij voor dit werk de hulp der kerk toch weer niet missen kon, wendde zij zich tot de classes en kerkeraden in de steden, waar de Kameren van de Compagnie gevestigd waren (Amsterdam, Zeeland (Middelburg), de Maas (Delft en Rotterdam) en het Noorderkwartier (Hoorn en Enkhuizen). Deze classes benoemden „deputati ad res indicas”, (deputaten voor de behandeling en behartiging der Indische zaken); onder die namende classes van Amsterdam en van Walcheren de voornaamste plaats weer in. De classes zonden de leeraren uit, die hun honorarium van de Oost-Indische compagnie ontvingen en dus haar ambtenaren waren; het patronaat over de Indische kerk had en hield de Compagnie.
Bij de uitbreiding van het zendingswerk in Indië, vooral ook bij den gezegenden voortgang van den arbeid op Ambon en de Molukken, kwam er een actie tot samenwerking van de kerken in het vaderland; maar het einde van veel wrijving was, dat de verzorging der Indische zaken bleef in handen van de kerken, classes en synoden, waar de Kameren der Compagnie waren; de suprematie van Noord-Holland, vooral van Amsterdam, verhinderde de toch vaak genoeg begeerde samenwerking der kerken in geheel het vaderland.
Ook bij de inrichting der Indische kerk wist de Compagnie haar opperhoogheid te handhaven. In 1643 stelde de Indische regeering, buiten de Vaderlandsche kerk om, een kerkenorde speciaal voor Batavia vast, waarbij voor schier alle handelingen op kerkelijk terrein, tot de keuze van ouderlingen toe, de toestemming der regeering noodig was. Protesten van de zijde der kerk tegen de machtsaanmatiging der Compagnie werkten niets uit; de Indische kerk werd een deel van het staatkundig raderwerk, dat naar willekeur bestuurd en geregeld kon worden, maar tot geen eigen zelfstandige ontwikkeling en eenheid kon komen.
Het terrein van haar arbeid had de Oost-Indische Compagniezending (naar ons tegenwoordig Nederlandsch Oost-Indië) op Java, de Molukken, Ternate, een gedeelte van Celebes, de Noorder(Sangir en Talaud) eilanden, de Zuid-Oostelijke en ZuidWestelijke eilanden en Timor, (vergelijk het overzicht: artikel Nederlandsch Indië).
Na 1815.
In de periode tusschen den ondergang der Oost-Indische Compagnie (1795) en het herstel van Neerlands onafhankelijkheid (1815), poogden de Indische Deputaten, met name die te Middelburg en te Amsterdam, nog wat voor Indië te doen, doch zonder gevolg; in 1814 waren er in geheel Indië nog slechts vijf predikanten aanwezig, terwijl er geen enkele krankenbezoeker meer was. De Compagnie, die de zaken der Indische kerk bekostigd had, was te gronde gegaan, en al haar bezittingen, rechten en verplichtingen, dus ook die betreffende de Indische kerken, waren op den Nederlandschen Staat overgegaan. Toen evenwel het herleefde Nederland in 1815 Indië uit de handen der Engelschen terugontving, werden al heel spoedig maatregelen genomen tot herstel van de Indische kerk (vergelijk artikel Indische Commissie). Maar wat daarbij ook veranderde, niet de macht der regeering over de Indische kerk. Zelfs werden de vroeger uitzendende classes geheel uitgeschakeld, en kwam hier te lande heel de bemoeiing met de Indische kerk in handen van een Staatscommissie (Indische Commissie), onder opperhoogheid van het hoofd van den Staat. Eenige aanraking is er nog tusschen de Hervormde kerk en de Indische kerk, voor zoover steeds twee der Nederlandsch Hervormde kerk-functionarissen ex officio lid der Haagsche commissie zijn, maar daarmede heeft toch die kerk niet den minsten invloed op den gang der zaken.
Herhaaldelijk zijn wel pogingen aangewend, zoowel bij de Haagsche Commissie als bij de Regeering, om een nadere regeling te krijgen van de betrekking der Indische kerken tot de Synode der Nederlandsch Hervormde kerk, doch zonder resultaat; de Indische kerk is zoo nauw mogelijk aan den Staat verbonden gebleven. Zelfs is de afhankelijkheid der Indische kerk van den Staat nog absoluter geworden dan te voren; van beroeping door de kerk is geen sprake meer; de predikanten worden benoemd door de koningin op voordracht der Indische Commissie en dan van den minister van Koloniën ; de Indische kerk is staatskerk.
Oók wat de organisatie in Indië aangaat. Dadr oefent de gouverneur-generaal feitelijk de macht over de Indische kerken uit; er is wel een Bestuur over de Protestantsche kerken in Nederlandsch Indië (Batavia), dat de belangen van al de Protestantsche gemeenten in Nederlandsch Indië behartigt en het algemeen toezicht houdt op derzelver beheer, predikanten en kerkeraden, maar ook dit kerkbestuur is aan het gezag van den gouverneur-generaal ondergeschikt; hij benoemt de leden van het kerkbestuur; hij plaatst de in Nederland benoemde predikanten en hulppredikers; door zijn bemiddeling geschiedt ook de correspondentie.
Naar het ideaal van koning Willem I moest deze Staatskerk de ééne algemeene Protestantsche kerk van Nederlandsch Indië zijn: „De Protestanten in Nederlandsch Indië zullen voortaan maar één kerkgenootschap vormen” en „tot het Protestantsch kerkgenootschap in Nederlandsch Indië behooren allen, die aldaar op belijdenis des geloofs tot lidmaten zijn aangenomen, zij, die in de Protestantsche kerken gedoopt zijn, en diegenen welke in andere landen, als tot de Protestantsche kerkgenootschappen behoorende erkend, zich hier terneder zetten”. Gevolg, dat wie onder Christen-naam maar niet Roomsch was, doodeenvoudig tot de Indische kerk werd gerekend. Bij opgaven van cijfers dient hiermede dus wel rekening gehouden te worden. (De Gereformeerde kerken op Java en Sumatra moesten als van zelf toch wel erkend worden). Een belijdenis heeft de Indische kerk dan ook niet. De theoretische redeneering, dat de nooit afgeschafte aloude Belijdenisschriften nog gelden, stuit op de praktijk heelemaal af, en ieder lid is vrij zijn eigen geloofsbelijdenis te hebben en te houden. Moderne predikanten had de Indische kerk in grooten getale en zij heeft die nog ; onder haar predikanten zijn er geweest, die bij de S.
D. A. P. waren aangesloten; en voor het behoud van het „vrijzinnig bestanddeel” in de Indische kerk wordt door de vrijzinnigen nog al wat gedaan. Daarbij bestaat de Indische kerk voor 85% uit in Indië geborenen; die IndoEuropeanen zijn, in tegenstelling met de meeste „geïmporteerden”, godsdienstig aangelegd. Een Indisch atheïst is een contradictio in terminis. Maar hun godsdienst heeft veelal een syncretistisch karakter en bestaat gewoonlijk uit een mengeling van Christendom en nog vaak zeer sterke animistische herinneringen, ’t Is deze Indo-Europeesche meerderheid, die het stempel drukt op de Indische kerkgemeenschap. Dat de Indische kerk thans „gematigd orthodox” zou zijn, zal dan ook wel ietwat al te sterk uitgedrukt wezen.
Meerdere pogingen werden aangewend tot reorganisatie van de Indische kerk en daardoor tot haar meerdere zelfstandigheid. Wij denken hierbij met name aan de 1910 ingestelde Commissie, die April 1913 zulk een belangrijk rapport indiende. Van die voorstellen is evenwel heel weinig meer gehoord; al schijnen zij meegewerkt te hebben tot de bij Gouvernementsbesluit van 24 September 1921 ingestelde Commissie van advies, die onderzoek zal doen naar de wenschelijkheid van een verdere doorvoering van het beginsel van scheiding van Kerk en Staat in Nederlandsch Indië. Wat er uit worden zal, valt moeilijk te zeggen.
De gemeenten der Indische kerk worden onderscheiden in Europeesche Christengemeenten en gevestigde Inlandsche gemeenten (in onderscheiding van de zendingsgemeenten). De Europeesche gemeenten vormen te zamen kerkelijke afdeelingen, elk bediend door een predikant (soms meer); terwijl de Inlandsche gemeenten vereenigd zijn in ressorten, elk verzorgd door een hulpprediker; bij den dienst in de Inlandsche gemeenten worden de hulppredikers ter zijde gestaan door Inlandsche leeraars. Te Tomohon en te Koepang is een opleidingsschool tot opleiding van Inlandsche leeraars. Bij de 33 kerkelijke afdeelingen zijn 43 predikantsplaatsen: Java en Madoera: 22 afdeelingen met 30 predikanten, en de Buitengewesten: 11 afdeelingen met 13 predikanten, n.l. 5 op Sumatra, 2 op Borneo, 3 op Celebes, 2 op Amboina en 1 op Timor. Er zijn 31 hulppredikers-ressorten, waarvan 10 in de Minahassa liggen en 7 de ZuidWestergroep vormen.
De gevestigde Christengemeenten op Java bestaan hoofdzakelijk uit Amboineezen en Menadoneezen, als militairen of bureelbeambten in ’s lands dienst. Bij de gevestigde Inlandsche gemeenten waren ultimo ’24 werkzaam 28 hulppredikers en 322 Inlandsche leeraars; ook nog in functie 7 Europeesche godsdienstleeraars voor de voorziening in de godsdienstige behoeften dei mindere militairen en der minder gegoede leden van enkele Protestantsche gemeenten op Java. Dan zijn er nog eenige honderden Inlandsche onderwijzers op de lagere scholen van de terreinen der Indische kerk, uitgaande van de Protestantsche gemeenten der Indische kerk (in de Minahassa uitgaande van het Nederlandsch Zendelings-genootschap), die tevens voorgangersdiensten verrichten. Statistiek ultimo’24:127.042 Protestantsche Europeanen en met hen gelijkgestelden en 515.731 Inlandsche Christenen.
Al heeft de Indische kerk de zorg voor de Christengemeenten, toch is het ook in haar midden de laatste jaren tot eigenlijk zendingswerk gekomen. Een deel harer „meest-positieve” dienaren vormde een Centraal-Comité voor de zending der Indische kerk, dat Juni ’26 ook begonnen is met een eigen Zendingsbode uit te geven, onder redactie van H. Krayer van Aalst. Deze zendingsactie strekt zich hoofdzakelijk uit over de Molukken (vooral Midden-Timor en Alor), ook tot een paar posten op Celebes, ja tot Nieuw-Guinee toe.
