Een allergeen is een onschuldige stof die het afweersysteem van sommige mensen ten onrechte als "gevaarlijk" ziet.
Voorbeelden van allergenen zijn pollen, huisstofmijt, katten- of hondenharen, noten, melk, gluten of insectengif.
Het lichaam maakt antistoffen aan tegen deze allergenen en veroorzaakt een allergische reactie.