De huid en slijmvliezen vormen naast een fysieke barrière ook een chemische barrière. Talg- en zweetklieren in de huid scheiden stoffen uit die zorgen voor een lage pH van de huid (pH tussen 3 en 5).
De meeste micro- organismen en virussen, en dus ook veel pathogenen, zijn niet bestand tegen dit zure milieu. Daarnaast voorkomen tranen, speeksel en slijm dat micro-organismen zich kunnen nestelen op de huid en slijmvliezen. Al deze uitscheidingen bevatten antimicrobiële stoffen als het enzym lysozym, dat de celwand van veel bacteriën afbreekt.
Weer andere antimicrobiële stoffen voorkomen dat virussen cellen kunnen infecteren.
Wanneer een micro-organisme of virus op een slijmvlies terecht komt, bijvoorbeeld in de longen, kan het ingevangen raken in het slijm. Langzaam wordt dit slijm omhoog de longen uitgewerkt met behulp van trilhaartjes. Als het slijm met daarin de micro-organismen of virussen door- geslikt wordt, komt het in de maag terecht, waar een zeer lage pH heerst. De meeste micro-organismen en virussen worden hierdoor gedood en kunnen de rest van het spijs- verteringskanaal niet bereiken.
