(ook: genetische plantengeografie), grote afdeling van de →plantengeografie die nagaat hoe de huidige verspreiding van de planten tot stand is gekomen. De huidige vegetatie en floras vertegenwoordigen slechts de uitkomst van en een stadium in een reeds honderden miljoenen jaren durende evolutie van planten, klimaten en aardoppervlak.
De paleobotanie, paleoklimatologie en de paleogeografie zijn dan ook de belangrijkste bronnen van verklaring voor de historische plantengeografie. De probleemstellingen komen van de →floristische plantengeografie, uit de studie van de →arealen. Tal van taxa (families, geslachten, soorten) hebben een pantropische, ofwel een amfiatlantische of een amfipacifische verspreiding, d.w.z. dat zij in de drie tropische gebieden van Australazië, Afrika en Amerika voorkomen, ofwel aan weerszijden van de Atlantische of van de Grote Oceaan aanwezig zijn.Diverse verklaringen werden hiervoor gegeven, zoals het ontstaan van dergelijke taxa in elk van de verschillende delen van hun disjunct areaal, het verspreiden van vruchten en zaden over de oceanen heen, door orkanen, natuurlijke vlotten enz. De landbruggentheorie en de Wegenerse hypothese van de verschuiving van de continenten (→continentverschuiving) zouden verder de huidige verspreidingen moeten helpen verklaren. Volgens de landbruggentheorie zouden verbindingen bestaan hebben tot in het Mesozoïcum (waarin de Angiospermae sterk opbloeiden en zich verspreidden) tussen Brazilië en West-Afrika, tussen Zuid-AfrikaMalagasië en India, tussen Zuid-Amerika en Australië, bruggen waarover de planten zich konden verspreiden. De hypothese van de continentverschuiving stelt dat er oorspronkelijk één oercontinent, Pangaea, was en dat dit door splitsing en uiteendrijving in verscheidene continenten en oceanen uiteen is gevallen. Deze hypothese, die tot voor kort nooit de voorkeur van de plantengeografen heeft genoten, won de laatste decaden aan waarschijnlijkheid.
In het Tertiair kwamen in West-Europa (Londen, Bekken van Parijs, Gelinden enz.) tropische (of subtropische?) floras voor met Mpa-palmen, die nu nog alleen langs kusten in tropisch Azië voorkomen. De Tethyszee bespoelde in die periode zowel Zuid-Azië als West-Europa. In de huidige Arctische streken ontwikkelden zich bossen met o.a. Taxodium, Ginkgo, Sequoia, Metasequoia, Magnolia, Platanus. Deze arcto-tertiaire flora van het noordelijk halfrond verschoof nadien geleidelijk naar het zuiden als gevolg van het koeler worden van het klimaat, waarbij sommige taxa (Ginkgo) nagenoeg uitgeschakeld werden. Vooral echter door de pleistocene ijstijden werd de flora van de Holarctis verarmd, en wel het sterkst in Europa, waar de migratie naar het zuiden bemoeilijkt of belet werd door in het Tertiair gevormde oost—westgerichte gebergten.
Voor de geschiedenis van de flora en vegetatie van het Quartair, vooral van het Holoceen, levert de pollenanalyse (→palynologie) veel gegevens. Dit berust enerzijds op het feit dat de wand van de stuif meelkorrels zeer dikwijls structuurbijzonderheden vertoont waaraan de plantesoorten herkend kunnen worden, en anderzijds aan het bewaard blijven in bodemen veenlagen van die wand. Uit de relatieve hoeveelheden van de verschillende soorten stuif meelkorrels in de opeenvolgende bodemen veenlagen kan men zich een beeld vormen van de opeenvolgende vegetaties die het pollen leverden.
LI TT. Wulff, Introduction to historical plant geography (1950); K.Faegri en J.Iversen, Textbook of pollen analysis (2e dr. 1966).