Nico M. van Straalen

Em. Professor of Animal Ecology

Gepubliceerd op 16-10-2019

2019-10-16

Transitie

betekenis & definitie

Substitutie in het DNA van een purine-nucleotide (A of G) naar de andere purine, of van een pyrimidine (C of T) naar de andere pyrimidine; staat tegenover transversie

De vier stikstofbasen in het DNA (adenine, guanine, cytosine en thymine) behoren chemisch gezien tot twee verschillende groepen; A en G zijn purines en C en T zijn pyrimidines. De purines hebben twee ringen in de moleculaire structuur terwijl de pyrimidines één ring hebben. Een mutatie waarbij een purine vervangen wordt door een andere purine (van A naar G en van C naar T) is niet equivalent met een vervanging van een purine door een pyrimidine (van A of G naar C of T). Een substitutie tussen verschillende chemische groepen heet een transversie.

De kans op een transitie is meestal groter dan de kans op een transversie. In de eerste plaats is een transversie chemisch gezien een grotere verandering en in de tweede plaats zit de genetische code zo in elkaar dat een verandering van de derde base van een triplet minder vaak tot een verandering van aminozuur leidt als het een transitie is.

Het is mogelijk om hier bij een fylogenetische reconstructie rekening mee te houden. Dat betekent dat in een alignment de verschillen die een transversie impliceren anders gewogen worden dan de verschillen die een transitie betekenen.

Een vaak gebruikt model hiervoor is het twee-parameter-model van Kimura, waarin de kans op een transitie, α, groter is dan de kans op een transversie, β, bijvoorbeeld α = 10 x 10$$$^{-9}$$$ per positie per jaar en β = 2.5 x 10$$$^{-9}$$$ per positie per jaar. Een alternatief is het één-parameter-model van Jukes en Cantor, waarin alle overgangen dezelfde kans hebben.

Bronvermelding