Het proces van grootschalige veranderingen in het leven op aarde, op geologische tijdschaal; het ontstaan van nieuwe soortengroepen en nieuwe bouwplannen
Macro-evolutie komt overeen met de veranderingen in de fossiele gegevens. Daar zien we dat soorten lange tijd dezelfde verschijningsvorm hebben totdat op een gegeven moment een nieuwe groep soorten ontstaat, of een nieuw fylum met een nieuw bouwplan dat sterk verschilt van wat er al was. Het lijkt alsof evolutie in sprongen verloopt en soms wordt deze wijze van evolutie “saltatie” genoemd. Een bekend macro-evolutionair model is dat van de “gepunctueerde equilibria”, voorgesteld door Niles Eldredge en Stephen J. Gould.
Macro-evolutie staat tegenover micro-evolutie. Micro-evolutie speelt zich af binnen een soort; het betreft veranderingen van allelfrequenties onder invloed van selectie en drift. Micro-evolutie komt overeen met het klassieke beeld van evolutie door natuurlijke selectie dat beschreven is door Charles Darwin.
Er is geen scherpe grens te trekken tussen micro- en macro-evolutie; het onderscheid is enigszins kunstmatig. Het ontstaan van soorten kan in beide categorieën vallen. Het ontstaan van de zoogdieren uit de reptielen is een voorbeeld van macro-evolutie, terwijl de evolutie van de mens uit een aapmensachtige voorouder een proces van micro-evolutie genoemd kan worden.
Veel evolutiebiologen zijn er van overtuigd dat het mechanisme achter macro-evolutie in essentie hetzelfde is als dat achter micro-evolutie. Alleen de intensiteit van de selectie varieert in de tijd, is de gedachte. Maar soms wordt ook gesteld dat bij macro-evolutie mutaties in het ontwikkelingsprogramma de drijvende factoren zijn en dat de rol van natuurlijke selectie als innovatieve kracht beperkt is, terwijl bij micro-evolutie natuurlijke selectie, werkend op mutaties met kleine fenotypische effecten, duidelijker aanwijsbaar is.
