Plant of dier samen met alle micro-organismen die er als symbiont in of op leven
De term gaat terug op het boek “Symbiosis as a Source of Evolutionary Innovation” uit 1991, geredigeerd door de Amerikaanse celbioloog Lynn Margulis. Hierin verdedigde ze de stelling dat als een organisme in symbiose leeft met andere organismen het geheel van gastheer en symbionten de eenheid van selectie is en als zodanig evolueert. De evolutie van eukaryotische organismen na de vorming van het mitochondrion, oorspronkelijk een intracellulaire alfaproteobacterie, was voor Margulis het inspirerende voorbeeld, maar ook in nu levende dieren vinden we talloze voorbeelden van innige symbiotische relaties waarbij je kunt zeggen dat de holobiont als geheel evolueert, denk bijvoorbeeld aan koraalpoliepen met hun zoöxanthellen (symbiontische algen) en aan bladluizen met hun bacteriën. Bij fruitvliegen is aangetoond dat partnervoorkeuren afhankelijk zijn van de darmflora, via de samenstelling van chemicaliën in de cuticula. Daarmee zouden de darmbacteriën de soortvorming van vliegen kunnen beïnvloeden.
In 2008 introduceerden Ilana Zilber-Rosenberg en Eugene Rosenberg, moleculair biologen uit Israel, een vergelijkbaar concept, het “hologenoom”. Hiermee bedoelden ze het genoom van de gastheer samen met alle genomen van micro-organismen die met die gastheer geassocieerd zijn. Dit begrip is verwant aan “metagenoom”, wat een meer neutrale aanduiding is van de gezamenlijke genomen van een groep micro-organismen.
Er is ook kritiek op het idee: de Amerikaanse evolutiebioloog Nancy Moran stelde in 2015 dat selectie op het niveau van de holobiont een uitzondering is en dat symbioses in eerste instantie bekeken moeten worden als een samenleving van twee of meer soorten die ieder evolueren, in interactie met elkaar (co-evolutie).
