Fase in de embryonale ontwikkeling van een soort waarin de overeenkomst met andere soorten die tot hetzelfde fylum behoren, zeer groot is
De term kwam in zwang in de jaren 80 van de vorige eeuw, maar gaat feitelijk terug op de Estische bioloog Karl Ernst von Baer die in 1828 zijn “Embryologische Wetten” formuleerde. Hij stelde in zijn derde wet dat de embryo’s van verschillende soorten aanvankelijk op elkaar lijken maar zich in hun ontwikkeling steeds meer van elkaar gaan onderscheiden.
Dat het fylotypisch stadium voor alle vertegenwoordigers van een fylum in principe hetzelfde is betekent dat men aan dit stadium het fylum kan herkennen, of sterker nog, verwantschapsrelaties tussen fyla kan veronderstellen. Zo hebben bijvoorbeeld zowel Annelida (ringwormen) als keverslakken (Polyplacophora) een trochophora-larve. Deze overeenkomst duidt op een gemeenschappelijke oorsprong van ringwormen en weekdieren.
Het fylotypisch stadium van de chordadieren, het fylum waartoe ook de mens behoort, is een pharyngula of “kikkervisje”, een stadium met een chorda, kieuwbogen, het hart ventraal achter de kop en een staart na de anus. Ook de mens maakt zo’n stadium door.
Niet alleen de morfologie, maar ook de genexpressies van het fylotypisch stadium vertonen een sterke gelijkenis tussen de soorten van een fylum. Als verklaring wordt aangevoerd dat in het fylotypisch stadium de verschillende ontwikkelingsprocessen van het embryo een sterke onderlinge samenhang vertonen. Daardoor zijn nauwelijks levensvatbare mutaties mogelijk. De eieren van soorten zijn van elkaar verschillend vanwege de uiteenlopende reproductiebiologie en tijdens de latere ontwikkeling treedt diversificatie op vanwege de verschillen in ecologie, maar daartussen zit een “flessenhals” waarin nauwelijks evolutionaire diversificatie mogelijk is. De Zwitserse zoöloog Denis Duboule formuleerde dit als het “zandlopermodel”.
