Het geheel aan uiterlijk waarneembare kenmerken van een individu die het gevolg zijn van een bepaald genotype in combinatie met de heersende milieuomstandigheden; ook wel: de uiterlijk waarneembare waarde van één zo’n kenmerk
Het fenotype is een gevolg van het genotype, de embryonale ontwikkeling en het milieu. Net als genotype kan ook fenotype in ruime zin opgevat worden (het geheel aan kenmerken, gerelateerd aan vele genen), of in engere zin (één kenmerk, gerelateerd aan één bepaald genetisch locus).
Een fenotype kan morfologisch zijn (bijv. lichaamslengte), fysiologisch (bijv. gevoeligheid voor koude), ethologisch (bijv. altruïstische instelling), of moleculair (bijv. expressie van een gen). Men spreekt ook wel van inwendige en uitwendige fenotypes. In zijn algemeenheid is de relatie tussen genotype en fenotype ingewikkeld. Alleen bij zeer eenduidige fenotypes (bijvoorbeeld iemands bloedgroep) is er een directe relatie met het genotype (bijvoorbeeld het A-, B-, O-systeem).
Voor de evolutie is van belang dat het fenotype datgene is waarop geselecteerd wordt. Doordat sommige fenotypes ten opzichte van andere een voor- of nadeel hebben in een bepaald milieu verandert de frequentie van de genotypes die ten grondslag liggen aan die fenotypes. Omdat de genotypes doorgegeven worden naar de volgende generatie veranderen vervolgens ook de frequenties van de fenotypes.
Het toekennen van fenotypes aan individuen noemt met fenotypering. Denk bijvoorbeeld aan het testen van koudetolerantie bij een groep insecten of het scoren van ziektes bij mensen. Dit staat tegenover genotypering, het bepalen van het genotype voor een of meer loci. De studie van een groot aantal fenotypes tegelijkertijd, bijvoorbeeld bij automatische gedragswaarnemingen aan muizen in fenotyperingskooien noemt men fenomica (“phenomics”). In deze wetenschap probeert men met complexe statistiek het netwerk van verbanden tussen het complete fenoom en het genoom op te helderen.
