Een manier om te definiëren wanneer twee individuen tot dezelfde species behoren, namelijk als ze kruisbaar zijn en daarbij vruchtbare nakomelingen krijgen
Volgens deze klassieke definitie zijn paard en ezel twee verschillende biologische soorten omdat ze bij onderlinge kruising onvruchtbare nakomelingen geven (muilezel en muildier). Kenmerkend voor het biologisch soortbegrip is dat er reproductieve isolatie is. Hoewel de definitie op zich klip en klaar is en in veel gevallen een goed houvast biedt, stuit de toepassing ervan toch op allerlei problemen:
- Bacteriën en Archaea kennen geen seksuele voortplanting waardoor de definitie niet van toepassing is. Volgens een moleculaire definitie van bacteriële soorten bestaat driekwart van de biodiversiteit uit bacteriën.
- Ook bij soorten met parthenogenese is het soortbegrip een probleem omdat er geen sprake is van kruisingen.
- Bij planten en insecten zijn verwante soorten soms wel kruisbaar en de nakomelingen zijn soms ook fertiel, maar hebben wel een lagere fitness, waardoor hybriden in de natuur niet voorkomen.
- Bij dieren met een groot verspreidingsgebied zijn populaties die dicht bij elkaar leven wel kruisbaar, maar populaties van het ene en andere uiteinde niet. Men spreekt van een ringsoort, bijvoorbeeld bij meeuwen.
- Voor soorten die we alleen kennen als fossielen biedt het biologische soortbegrip overduidelijk geen houvast.
- Als een soort volgens anagenese evolueert uit een voorouderlijke soort kan men zeggen dat die twee tot dezelfde soort behoren; ze waren namelijk al die tijd onderling kruisbaar.
Om sommige van deze problemen te voorkomen is wel voorgesteld om soorten in evolutionaire termen te definiëren. Een soort wordt dan gelijk aan een evolutionaire lijn in een fylogenie.
De wetenschappelijke aanduiding voor soort is species (zowel enkelvoud als meervoud).
