Afgeleid; later in de evolutie ontstaan; niet overeenkomend met de voorouder
Een ander woord voor apomorf kenmerk is apomorfie. Het staat tegenover een plesiomorf kenmerk (plesiomorfie), d.w.z. een primitief kenmerk. Een plesiomorf kenmerk gaat terug op de voorouder terwijl een apomorf kenmerk juist niet bij de voorouder te zien is. Apomorfieën zijn moderne kenmerken die de voortgang van de evolutie reflecteren.
Strikt genomen is apomorfie een eigenschap van een kenmerktoestand. In de cladistiek redeneert men als volgt: kenmerken (“characters”) kunnen verschillende kenmerktoestanden (“character states”) aannemen en die kenmerktoestanden kunnen apomorf of plesiomorf zijn. Bijvoorbeeld, het kenmerk “kin” heeft een apomorfe kenmerktoestand bij de mens, namelijk “aanwezig”, terwijl hetzelfde kenmerk bij de neanderthaler een plesiomorfe toestand heeft, namelijk “afwezig”. De kin is later ontstaan toen de dentale boog korter werd en de onderkaak begon uit te steken vóór de snijtanden.
In de moleculaire fylogenie is elke basepaarpositie in het DNA die homoloog is over een aantal soorten op te vatten als een kenmerk dat in principe vier kenmerktoestanden kan aannemen, namelijk A, T, G of C. Als een polymorfe positie (SNP) een toestand heeft die overeenkomt met de voorouder maar ook een allelische variant die niet daarmee overeenkomt noem je de allelische variant een apomorf kenmerk.
Elke soort in een evolutionaire lijn heeft zowel apomorfe als plesiomorfe kenmerken. Als het gaat om opvallende morfologische structuren spreekt men dan van mozaïek-evolutie. Zo valt het bijvoorbeeld op dat het fossiel van Australopithecus afarensis in allerlei opzichten plesiomorf is (hersenvolume, prognaath gezicht), maar in andere opzichten juist apomorf (positie foramen magnum, vorm van het bekken).
