Op verschillende plaatsen levend en daardoor gescheiden van elkaar evoluerend
Geografische scheiding is het meest voorkomende mechanisme voor reproductieve isolatie en soortvorming (speciatie). Als twee groepen organismen van dezelfde soort van elkaar gescheiden raken door migraties of geologische barrières zullen ze onafhankelijk van elkaar mutaties accumuleren en daardoor genetisch van elkaar gaan verschillen. We zien dit gereflecteerd in het principe van isolatie door afstand (IBD). Bovendien zullen de gescheiden groepen adaptaties ontwikkelen, elk aan hun eigen habitat, wat ook tot verschillen leidt. Als dit lange tijd voortduurt kunnen de twee groepen zo sterk van elkaar gaan verschillen dat ze niet meer kruisbaar zijn en tot twee aparte soorten gerekend moeten worden. Volgens veel evolutiebiologen, bijvoorbeeld de invloedrijke Duits-Amerikaanse ornitholoog Ernst Mayr (1904-2005) is allopatrische speciatie het belangrijkste mechanisme voor soortvorming. Het is ook in overeenstemming met de klassieke opvatting van evolutie door natuurlijke selectie zoals geformuleerd door Charles Darwin.
Allopatrisch staat tegenover sympatrisch: op dezelfde plek levend en in hetzelfde gebied evoluerend. Soortvorming kan alleen in sympatrie plaatsvinden als er sterke isolatiemechanismen werkzaam zijn. Een speciale vorm van allopatrie is peripatrie (levend aan de rand van het verspreidingsgebied).
Het bekendste voorbeeld van allopatrische soortvorming bij de mens is de evolutie van Homo erectus uit Homo ergaster. H. ergaster was een succesvolle, in Afrika levende soort, van waaruit groepen naar Azië en Europa trokken. We vinden ze daar terug als fossielen van de Javamens, de Pekingmens en de Georgiëmens. Maar de fossielen buiten Afrika verschillen in een aantal opzichten van de Afrikaanse en worden tot een aparte soort gerekend, Homo erectus.
