De (Herv.) Grote of St.-Janskerk (Achter de Kerk 1) is een zeer grote basilicale kruiskerk voorzien van een vijfzijdig gesloten koor met omgang en kapellen en een rijzige toren van vier geledingen met balustrade en achtzijdige houten lantaarn met ui-vormige spits.
Oorspronkelijk stond hier een mogelijk midden-13de-eeuwse kerk, die in 1349 werd vergroot tot een driebeukige kruiskerk en die na lichte schade bij de stadsbrand van 1361 in 1366 opnieuw werd gewijd. Van die kerk resteren de onderste torengeleding met overhoekse steunberen (1349) en mogelijk aan de oostzijde daarvan nog enig 13de-eeuws muurwerk. In 1404-'13 werd de oude kerk vervangen door een driebeukige hallenkerk met driezijdige sluiting (tot aan het huidige dwarsschip). De zijmuren van het in baksteen uitgevoerde westelijke deel van het schip stammen uit deze fase. De stadsbrand van 1438 berokkende eveneens weinig schade (nieuwe wijding 1443). Tussen circa 1475 en vóór 1489 heeft men de zijbeuken over een lengte van vier traveeën verdubbeld en een daarmee corresponderend, maar wel hoger opgaand, dwarsschip opgetrokken.
De gevels van deze bouwfase zijn grotendeels met Gobertangesteen bekleed, evenals het koor met kooromgang en -kapellen dat tussen 1485 en 1510 verrees. In dezelfde bouwfase werd de toren verhoogd tot drie geledingen.
In het begin van het jaar 1552 sloeg de bliksem in de toren in, waarna de torenbekroning op het schip viel en de kap van de meest westelijke traveeën geheel verloren ging. Het redelijk behouden gebleven koor kon eind 1552 weer in gebruik worden genomen. De herbouw van de kerk stond onder leiding van Cornelis Frederiksz. van der Goude. Hij wijzigde de afstand tussen de zuilen in het schip en richtte nieuwe zuilen op met dubbele koolbladkapitelen onder wijde halfronde scheibogen. De buitenste zijbeuken kregen per travee een topgevel met hoogopgaand venster. Verder werden koor en transept verhoogd ten behoeve van een lichtbeuk.
Met de middenbeuk van het schip geschiedde dit pas in 1590-'93, waarbij men toen sloopmateriaal (gele ijsselsteen) van het Maria Magdalenaklooster gebruikte. Tussen 1599 en 1604 kreeg de toren zijn vierde geleding, uitgevoerd in zandsteen en met een gotische detaillering. De classicistische houten lantaarn dateert uit circa 1650 (pijnappels op balustrade uit 1758). In de toren hangen een door Henrick Wegewaert gegoten klok (1605) en een carillon bestaande uit 16 klokken van Pieter Hemony (1676-'78) en 33 klokken van gieterij Eijsbouts (uit 1960). In 1759-'61 kreeg de hele kerk nieuwe houten tongewelven. Tegen de kerk staan diverse aanbouwen, zoals de voorm. sacristie (nu kerkenraadskamer) met daarboven de voorm. librije (16de-eeuws) en verder het Zakkendragershuisje (1622, herbouwd 1904), het Kraamvrouwenportaal (1639) en verschillende kapellen. In 1898 begon men met restauratiewerkzaamheden (W.
Kromhout en J.Th.J. Cuypers) die tot de Tweede Wereldoorlog voortduurden. Daarbij heeft men onder meer een groot aantal tegen de kerk gebouwde huisjes afgebroken en de buitengevels vernieuwd. Verder werd de dakruiter op de viering vernieuwd (1914), de torenfundering hersteld en een gotisch portaal in eigentijdse vormen hersteld (1916, W. Kromhout). Een tweede restauratie in 1956-'80, onder leiding van T. van Hoogevest, betrof onder meer een algeheel herstel van de funderingen.
Het interieur wordt gedekt door houten tongewelven. Tot de inventaris behoren de door H.J. Otten Husly in Lodewijk XVI-stijl ontworpen preekstoel met bijzondere palmbladbekroning en houten dooptuinhek (beide ontworpen in 1785 en uitgevoerd in 1810) en het koorhek van marmer en koper (1782). De kerk bevat een in 1736 door Jacob François Moreau gebouwd orgel, dat in de tweede helft van de 18de eeuw is aangepast door Joachim Hess (gerestaureerd 1979-'81). De orgelkast met afhangende draperie (Turkse Tent) en beelden is ontworpen door Hendrik Carré. Het orgel staat op een marmeren onderbouw met ionische zuilen en heeft onder het orgel een door Peter Schauer uitgevoerd stucplafond in rijke Lodewijk XV-stijl (1771).
De oudste van de drie grafkapellen bij het koor is de in 1516 door Johannes van Crimpen gestichte Coolkapel, die maniëristische epitafen bevat voor Aleida de Lange († 1613) en Aemilius van Rosendael († 1620) en die in 1687 een classicistisch houten hekwerk heeft gekregen. De grafkapel van schepen Hiëronymus van Beverningh († 1690) is voorzien van een classicistisch wit marmeren hekwerk (1674). De Meurskapel gesticht in 1660 door burgemeester Floris Kant en sinds 1810 bezit van de familie Meurs wordt afgesloten door een classicistische zandstenen pilasterwand met hoge plint en fors hoofdgestel. Ten slotte is er de in 1700 aan de noordzijde van de toren ingerichte grafkapel van de familie Van der Dussen.
In de kerk zijn verschillende epitafen aangebracht en de kerkvloer bevat (herplaatste) oude grafzerken, waaronder die voor humanist Dirk Volkertsz Coornhert († 1590). Beroemd zijn de gebrandschilderde glazen uit de tweede helft 16de en begin 17de eeuw. Deze glazen werden geschonken door geestelijke en wereldlijke heren bij de herbouw van de kerk na de blikseminslag en brand in 1552 en verder door Hollandse steden en het Hoogheemraadschap van Rijnland na de Hervorming van 1573. De oudste en belangrijkste glazen zijn vervaardigd door de broers Dirk en Wouter Crabeth. De door Dirk Crabeth uitgebeelde bijbelse thema's zijn: Doop van Christus (1555), Prediking van Jezus en doop in de Jordaan (1556), Jezus' boodschap aan de gevangen Johannes (1556; toegeschreven), Inwijding van de tempel te Jeruzalem door Salomo en Laatste Avondmaal (1557, geschonken door koning Filips II; het in 1790 verwoeste bovendeel is gereconstrueerd), Apostel Philippus predikt en doopt (1559), Prediking van Johannes de Doper (1562), Jezus drijft de wisselaars uit de Tempel (1567, geschonken door prins Willem van Oranje) en Onthoofding van Holofernes (1571). De glazen van Wouter Crabeth tonen: Salomo en de koningin van Sheba (1561), Offer van Elia en voetwassing (1562, geschonken door landvoogdes Margaretha van Parma), Geboorte van Jezus (1564) en uit het jaar van de Beeldenstorm Bestraffing van de tempelrover Heliodorus (1566).
Bij de restauratie van deze glazen tussen 1899 en 1936 door atelier ‘Het Prinsenhof’ te Delft is gebruik gemaakt van oude tekeningen en de in de kerk bewaarde oorspronkelijke cartons. In de lichtbeuk van het koor bevinden zich enkele van vóór 1571 daterende glazen met Christus en de Apostelen. De lichtbeuk van het schip is voorzien van wapenglazen uit 1594. Het jongste glas is uit 1603 en vervaardigd door Isaak Swanenburgh.
De achter het koor gelegen neogotische Van der Vormkapel werd in 1934 gebouwd als bewaarplaats voor zeven gebrandschilderde ramen uit het voorm. regulieren- of augustijnenklooster. Deze glazen uit 1581 werden geschonken door Dirk Cornelisz Reinegom, toen het klooster vanuit het buurtschap Stein naar Gouda verhuisde. Het kosterhuis (Achter de Kerk 15) is een 19de-eeuwse herenhuis met lijstgevel.
