De (Herv.) Jacobskerk (bij Oude Markt 2), oorspronkelijk gewijd aan O.L. Vrouwe en St.
Nicolaas, is een forse laat-gotische, driebeukige kruiskerk met driezijdig gesloten koor, recht gesloten zijkapellen, en een ingebouwde toren van twee geledingen met steunberen, ronde traptoren en een achtkantige houten bekroning. Van de tussen 1308 en 1328 gebouwde basilikale kerk resteren de koorsluiting en de onderbouw van de toren (eerste helft 14de eeuw) met inwendig een stenen gewelf.
In de 15de eeuw begon de vernieuwing en vergroting van de kerk met de bouw van het huidige transept en de twee zijkapellen bij het koor. In 1501 werd de toren verhoogd met een geleding, gedeeltelijk voorzien van steunberen met opvallende speklaagversieringen.
Daarna volgde de ombouw van het schip tot een hallenkerk met iets hogere middenbeuk (zonder lichtbeuk). De zijbeuken kregen aan de buitenzijden elk vijf overwelfde kapellen, waarvan er één aan de noordzijde is gedateerd ‘1558’.
De ingang met geprofileerde zandstenen omlijsting aan de zuidzijde van het koor werd in 1585 gemaakt. Eind 16de eeuw kreeg de toren een nieuwe houten bekroning met een achtkantige opbouw en een ui-vormige spits.Na 1572 heeft men de kerk ingericht voor de protestantse eredienst. Het noordtransept, dat reeds als Waalse kerk in gebruik was, werd in 1628 met een muur afgescheiden van de rest van de kerk en voor de Engelse diensten ter beschikking gesteld. Deze situatie bleef zo tot een brand in 1911, waarbij kerk en toren zwaar beschadigd raakten. Onder leiding van J.F.L. Frowein en nadien A. Mulder heeft men de kerk in oude vorm herbouwd.
De venstertraceringen en de gotische ingangspartij in de rechter westgevel hebben toen de huidige vorm gekregen. De toren werd door gemeentearchitect W.A. de Jong gerestaureerd, met nieuwe steen beklampt en van een gereconstrueerde torenspits voorzien. De schade aan de kerk uit de Tweede Wereldoorlog is in 1954 hersteld. Een algehele restauratie van kerk en toren onder leiding van J.D. Poley is uitgevoerd in 1996-2000.
Het kerkinterieur wordt gedekt door houten tongewelven, de zijbeukkapellen hebben stenen kruisgewelven. De profileringen, tudorbogen en koolbladkapitelen zijn uitgevoerd in de vormen van de Brabantse gotiek. Opvallend zijn de in doorsnee klaverbladvormige vieringpijlers, waarvan verschillende halve zuilschachten eindigen met een kapiteel, waar niets op steunt. Na de brand van 1911 zijn slechts twintig grafzerken (willekeurig) teruggeplaatst, zoals de gotische zerk van Jonge Jan Humans († 1508) en die van de familie Lampsins (circa 1615). Bij de brand zwaar beschadigd is het epitaaf voor Johannes Lambrechtsz Coolen († 1619), burgemeester van Vlissingen. Verder bevat de kerk het in wit en zwart marmer uitgevoerde grafmonument in Lodewijk XVI-stijl voor Daniël Octavus Barwell († 1799), gebeeldhouwd door Johannes Camhout en voorzien van een portretmedaillon en een reliëf met het vergaan van het schip ‘Woestduyn’, waarbij Barwell was omgekomen. Tot de inventaris behoren ook een kansellezenaar (derde kwart 18de eeuw) met pelikaan, een voorzangerslezenaar (1652), twee doopbogen (1655, 1656) en verschillende rouwborden van de redersfamilie Lampsins.
Aan de zijde van de Branderijstraat ter hoogte van het rond 1954 gebouwde kerkkantoor is in de kerkhofmuur een classicistisch zandstenen poortje (1654) opgenomen. Oorspronkelijk diende dit als toegangpoort tot de Engelse kerk in het noordtransept.
