De (Herv.) St.-Nicolaas- of Bovenkerk (Koornmarkt 28) is een gotische kruisbasiliek met een westtoren, een vijfbeukig schip voorzien van toegangsportalen en een vijfzijdig gesloten koor met kooromgang en straalkapellen. De oudste kerk ter plaatse dateerde uit circa 1200 en had een klaverbladvormige, tufstenen koorpartij.
Aan het eind van de 13de en mogelijk nog in het begin van de 14de eeuw werd die romaanse kerk vervangen door een gotische kruiskerk met driebeukig hallenschip en driezijdig gesloten koor. Van dit gebouw, opgetrokken in baksteen met een buitenschil van tufsteen, bleven de toren en delen van de onderbouw van midden- en dwarsschip bewaard. De lancetvensters in de oostwand van het dwarspand en in de onderste zone van de kopgevels van het transept horen bij deze bouwfase. De zijbeuken van deze eerste gotische kerk liepen door langs de noord- en zuidzijde van de toren.
De huidige, grote gotische kerk kreeg vorm vanaf het midden van de 14de eeuw. De vergroting begon met de bouw van een nieuw koor met omgang en kapellenkrans; na de Dom van Utrecht was dit de tweede kerk met een dergelijk koor in Nederland. De bouw stond onder leiding van meester Herman de Steenbicker en zeker voor wat de fraaie, opengewerkte koorlantaarn betreft vanaf 1369 van meester Rutger van Keulen. Omstreeks 1407 kreeg de koorlantaarn haar kapconstructie en dak. Het koor had oorspronkelijk een schoorconstructie met luchtbogen, maar die werden aan het eind van de 16de eeuw wegens bouwvalligheid gesloopt; sindsdien vangen houten trekbalken de spatkrachten inwendig op. Aan de binnenzijde zijn de bundelpijlers rijk uitgewerkt in trachiet; voor het overige is tufsteen en Baumbergersteen gebruikt.
Het koor heeft een gereduceerd triforium met vrijstaande staven van de kolonnetten, een oplossing die ook bekend is van de St.-Victorkerk te Xanten en de Groß Sankt Martin te Keulen. Bijzonder is het speelse netgewelf, verwant aan dat van de Praagse St.-Vitusdom. In de zuidoosthoek van de omgang staat een rechthoekige aanbouw met verdieping en traptoren. De benedenruimte diende waarschijnlijk als librije, de bovenruimte vermoedelijk als schatkamer. Een naastgelegen kapel voor de Jeruzalembroeders is later afgebroken; de contouren zijn in de bestrating aangegeven. Een vierkante traptoren tegen de noordoosthoek van het transept leidt naar het niveau van de bekapping van de omloop; een achtkantige traptoren in de binnenhoek van transept en lantaarn voert naar de bovenste bekapping.
In samenhang met de bouw van het hoge koor werd ook de oostzijde van het bestaande dwarsschip verhoogd. De oude gewelfhoogte is zichtbaar aan een oude muraalboog in het zuidelijke dwarspand. Met een gereduceerd triforium zoals bij het koor werd wel een begin gemaakt, maar bij een latere verbouwing is dit opgevuld. In de eerste helft van de 15de eeuw werkte men aan schip en transept. De uitvoering van een eerste ontwerp, een driebeukig schip aangevuld met rijen kapellen, moest wegens een ondeugdelijke fundering worden gestaakt. Voor het midden van de eeuw begon men op basis van een nieuw plan eerst met de afbouw van het transept en vervolgens met het schip.
Deze delen van de kerk kwamen, waarschijnlijk mede vanwege de hoge kosten van de mislukte eerste opzet, tot stand in een soberder vorm dan het koor. Het werd uiteindelijk een vijfbeukig schip, waarbij de traveeën van de zijbeuken afzonderlijke schilddaken kregen. Van de eerste gotische kerk werden de vierkante pijlers van het middenschip opnieuw gebruikt. Schip en transept zijn gebouwd in de trant van de Nederrijnse late gotiek. De uitgebouwde portalen aan noord- en zuidzijde van het schip zijn toevoegingen van omstreeks 1500. Een plan om de kerk naar het westen te verlengen en te voorzien van een nieuwe westtoren werd wegens geldgebrek niet uitgevoerd.
Sinds 1580 is de kerk in protestantse handen. Het gebouw onderging in de 19de en 20ste eeuw diverse keren herstel of restauratie. Onder leiding van stadsarchitect P. Bondam werden vanaf 1853 de zijbeuken en de kapellenkrans aangepakt, waarbij men de vensters vernieuwde en de natuurstenen buitenbekleding verving door baksteenwerk. Bij een restauratie van de koorlantaarn in 1882-'92, onder leiding van I. Gosschalk, zijn alle vensters geheel vernieuwd, waarbij men de traceringen niet zuiver heeft gekopieerd.
Verder is toen de tufsteenbekleding vervangen door een bekleding in zandsteen, met uitzondering van de traptoren in de hoek met de noordelijke transeptarm. In 1931-'33 werd het noordportaal gerestaureerd naar ontwerp van G. de Hoog. Een omvangrijke restauratie vond plaats in 1957-'72 naar plannen van R. Offringa. Bij die restauratie maakte de 19de-eeuwse bakstenen bekleding van de straalkapellen en het schip weer plaats voor natuursteen, met uitzondering van de zuidzijde van het middenschip. Bij de straalkapellen kwam er toen een gereconstrueerde balustrade. Het zuidportaal is in 1966 herbouwd.
Het rijzige interieur van de kerk is indrukwekkender dan het uitwendige. Tussen de bundelpijlers van het koor heeft men in de 15de eeuw een sierlijke stenen koorafsluiting aangebracht, uitgevoerd in tufsteen, rode zandsteen en Baumberger steen. Aan de zuidzijde bevindt zich een sedilia. De verminkte, laat-gotische overhuiving in Baumbergersteen is niet de oorspronkelijke. Het koor wordt overdekt door een netgewelf; transept en schip hebben kruisribgewelven, waarvan de ribben doorlopen in colonnetten langs de pijlers. Alleen aan de noord- en zuidzijde van de pijlers hebben deze colonnetten kapitelen.
Met geschilderde ornamenten heeft men later de suggestie gewekt dat de pijlers omlopende kapitelen hadden. Diverse gewelven zijn in de 15de en de 16de eeuw van schilderingen voorzien. Cornelis Maeler heeft omstreeks 1542 de florale motieven aangebracht. Latere restauraties hebben weinig van de oorspronkelijke schilderingen gespaard gelaten. Er zijn enkele muurschilderingen. De afbeelding op de zuidmuur van, waarschijnlijk, een heilige is de oudste (eind 14de of eerste helft 15de eeuw). Verborgen achter het orgel zit nog een laat-17de-eeuwse schildering van musicerende figuren achter een balustrade onder een opgehaald gordijn.
De sierlijk bewerkte natuurstenen preekstoel stamt uit het eind van de 15de of het begin van de 16de eeuw; de trappaal en de boog werden in 1796 toegevoegd, en het rugstuk en het klankbord zijn 19de-eeuws. Het rijk gesneden vroegrenaissancistische koorhek met geelkoperen spijlen dateert uit 1552 en werd gefinancierd uit de nalatenschap van Weyme van der Straten. Aan de schipzijde zijn de boogvelden versierd met kopjes van de van de vier evangelisten, Christus en Mozes; de kopjes aan de achterzijde zijn op één na afgeslagen bij de ‘beeldenstorm’ van 1580. In de kooromgang worden diverse kapellen afgesloten door 18de-eeuwse smeedijzeren hekwerken. Johan Sleger bouwde in 1670-'76 het monumentale orgel, maar A.A. Hinsz wijzigde het ingrijpend in 1741, met snijwerk van Caspar Struiwig.
Er volgden nog verbeteringen en herstel in 1789 door F.C. Schnitger jr. en H.H. Freytag, en in 1866 door C.F.A. Naber. Het tweede bovenwerk heeft men in 1974 aangebracht. De orgeltribune op corinthische zuilen werd in 1743 gemaakt door G.
Kuiper. De perspectiefschildering op de achterwand onder de tribune dateert uit 1743-'44.
Tot de inventaris horen verder een sarcofaagdeksel van rode zandsteen (12de of 13de eeuw), fragmenten van gebrandschilderde ramen (mogelijk 16de-eeuws), drie grote koperen kaarsenkronen met gilden- en stadswapens uit 1647 waarvan één gesigneerd door Elias Eliasz. Vliet, twee tochtportalen (tweede helft 17de eeuw) en een zeskantige hardstenen doopvont (omstreeks 1900). In de kerk liggen diverse grafzerken uit de 15de tot en met de 18de eeuw, waaronder de zerk uit 1625 voor architect en landmeter Thomas Berendsz. Er zijn grafmonumenten opgericht voor vice-admiraal Jan Willem de Winter (†1812) en voor Rutger van Breda (†1693) met zijn echtgenote Joanna Aymery (†1703). Een koperen plaat uit 1909, ontworpen door P.J.H. Cuypers en uitgevoerd door C.
Esser, herinnert aan het feit dat de beroemde klokkengieter Geert van Wou (†1527) in deze kerk werd begraven. De toren verrees aan het eind van de 13de en mogelijk nog in het begin van de 14de eeuw, in baksteen bekleed met tufsteen. De gevels hebben per geleding drie spitsboognissen met tracering. De vierde geleding dateert wellicht uit de jaren zestig van de 16de eeuw. Problemen met de stabiliteit van de toren vanaf het begin van de 17de eeuw resulterend in een scheefstand van bijna drie meter konden pas in 1685 worden bedwongen door de Amsterdamse timmermeester Jan de Jonge. Voor de hersteloperatie liet hij de zijbeuken naast de toren afbreken.
De noord- en zijgevel van de toren tonen de dichtgemaakte scheibogen en de wijzigingen ten gevolge van de verzakking van de toren. In het middenschip is nog de dakmoet van de eerste gotische kerk zichtbaar gebleven, als gevolg van de torenverzakking eveneens op een lager niveau. De meest westelijke travee van het middenschip is wegens de verzakkingsproblemen in de 17de eeuw vernieuwd en versterkt. De toren had vanouds een laag tentdak, maar in 1807-'08 werd de huidige slanke achtzijdige, ingesnoerde spits geplaatst. Het toegangsportaal dateert van het tweede kwart van de 19de eeuw en is een ontwerp van stadsarchitect N. Plomp.
In de toren zit een grote klokkenstoel uit circa 1567, gemaakt door stadstimmerman Floris Eickenholt. Een verdieping hoger hangen in een kleine klokkenstoel uit circa 1686 twee klokken uit 1482, gegoten door Geert van Wou. Bij een torenrestauratie in 1928-'32, onder leiding van stadsarchitect A.J. Reijers, is met name het natuursteenwerk van de begane grond aan de westzijde van de toren vernieuwd. De consistoriekamer en de aanbouw aan de noordzijde van de toren zijn in de jaren zestig van de 20ste eeuw gebouwd.
