Voormalig eiland met een overwegend langgerekte structuur. Het Friese norbertijnenklooster Mariëngaarde bij Hallum (Fr) kreeg het gebied in 1235 in bezit, bouwde er een uithof en zorgde voor de aanleg van dijken en de ontwikkeling van landbouw en veeteelt. In 1282 kwam Marken aan de graaf van Holland.
Graaf Willem IV liet het klooster omstreeks 1345 verwoesten. Door het oprukken van de Zuiderzee werd het gebied een eiland. De binnendijkse gronden gingen als hooilanden dienen, terwijl in de 14de en 15de eeuw de bebouwing zich concentreerde op kunstmatig opgeworpen terpen, die in Marken werven worden genoemd. De houten bebouwing op deze werven is in buurten gegroepeerd. De ‘Monnikenwerf’ (thans Kerkbuurt) wordt voor het eerst vermeld in 1470, in een tijd dat de visserij in Marken belangrijk werd. De meeste werven stammen in aanleg van vóór 1700. Als uitbreidingen kwamen in de 18de en 19de eeuw tegen de hellingen van de werven huizen op palen of een bakstenen onderbouw tot stand. Dijkdoorbraken en stormvloeden, waaronder die in 1825, 1877 en 1916, zorgden voor verdere landafslag. Van de oorspronkelijke tweeëndertig werven resteren nu negen bebouwde en drie onbebouwde werven. Op initiatief van koning Willem I werd in 1825 dwars door het eiland het Boogkanaal aangelegd als vaarverbinding vanuit de Zuiderzee via Waterland naar Amsterdam (Goudriaankanaal). Het project mislukte al spoedig en de vaart werd grotendeels gedempt (Oostervaart, Zuidervaart). In 1837 heeft men aan de westzijde van het eiland een rechthoekige haven aangelegd.
Met de aanleg van de Afsluitdijk (1932) verdween voor Marken het belang van de visserij. Wel werd toen de eerste bebouwing buiten de werven mogelijk en dit geschiedde bij de Kets. Na de TweedeWereldoorlog zijn kleine wijken gebouwd ten noorden van de haven en aan de noordoostzijde van het eiland. Op 17 oktober 1957 werd de verbindingsdijk van Marken met het vasteland gesloten. Aan de noordzijde van Marken strekt zich een stuk van een dam uit die bedoeld was voor de - uiteindelijk niet uitgevoerde - polder Markerwaard. Vanwege de klederdracht trok het protestantse Marken vanaf circa 1875 belangstelling van kunstschilders, waarna het eiland zich in combinatie met Volendam tot een internationale toeristische trekpleister heeft ontwikkeld. Het hele eiland is een beschermd gezicht.
