Dorp, ontstaan op de zuidelijke punt van de dekzandrug die tussen de Mussel-Aa en de Ruiten-Aa ligt. Het door moerassen en woeste gronden begrensde gebied werd het ‘Apell’ genoemd en bleek vooral geschikt voor bosbouw.
In 1458 kwamen de gronden in handen van Jacobus Wiltinck, vicaris te Loppersum, die het in 1464 aan de kruisheren schonk. Na de Reformatie werd de heerlijkheid Westerwolde, inclusief het kruisherenklooster, uiteindelijk in 1619 bezit van de stad Groningen.In 1851-'56 werd het veenontginningskanaal langs de in 1817 vastgestelde provinciegrens tot Ter Apel doorgetrokken om met een oostwaarts gerichte knik (de Wieke) zijn weg te vervolgen naar Munnekemoer. Langs dit Ter Apelkanaal ontwikkelde zich een veenkoloniale lintbebouwing. Het centrum van het dorp verschoof van het klooster naar de Hoofdstraat aan de Wieke. Aan de noordzijde van het Ter Apelkanaal, te Jipsingboermussel, ontstond in 1904 de aardappelmeelfabriek ‘Musselkanaal e.o.’, nog steeds een van de hoofdvestigingen van het Avébé-concern.
Aan de oostzijde van Ter Apel verrees rond 1915 een tuindorp met de naam Agodorp. Voor het gebied ten noorden van de Hoofdstraat maakte de ingenieur der Stadsbezittingen, C.L. de Vos tot Nederveen Cappel, rond 1919 een uitbreidingsplan, waarvan het deel rond de Rijks-HBS volgens plan is uitgevoerd. Tussen 1924 en 1935 lag ten noorden van de HBS het eindpunt van de STAR-buurtspoorlijn (Stadskanaal-Ter Apel-Rijksgrens). Na de oorlog kwamen in noordelijke richting nog enkele woonwijken tot stand.
