Streekdorp, waarschijnlijk ontstaan in de 14de eeuw in een dichtgeslibde arm van de Hunze, nadat omstreeks 1300 op een oude oeverwal ten noorden van het huidige dorp de Oudedijk was opgeworpen. Het dorp bezat in 1371 een kerk.
Omstreeks 1850 bestond Pieterburen uit twee bebouwingsconcentraties: een bij de Herv. kerk en een bij de haven aan het eind van de Pieterbuurstermaar. Waarschijnlijk heeft de bebouwing zich oorspronkelijk langs de Hoofdstraat bevonden, maar is ze na aanleg van een tweede dijk (Allard Kwastweg) naar de Oudedijk verplaatst.
In het dorp woonden in de 19de en het begin van de 20ste eeuw veel landarbeiders, die werkten op de boerderijen in Oudedijk. In de jaren zestig en zeventig van de 20ste eeuw raakte het dorp in trek bij jonge stedelingen die een alternatieve levenswijze nastreefden.
Recent is het vooral bekend dankzij het zeehondenopvangcentrum en het wadlopen.
