Stad, strategisch gelegen aan de weg Arnhem-Utrecht op de overgang van de Wageningse Berg naar de Gelderse Vallei. Ten oosten van de latere stad ontstond in de 9de eeuw een nederzetting, bekend als ‘Vada’ of ‘Wageningen-op-de-Berg’ (omgeving Westbergweg), van waaruit men in de 12de eeuw langs de Rijndijk een nieuwe nederzetting stichtte, die in 1240 werd versterkt en in 1263 stadsrechten kreeg. ‘Wageningen-op-de-Berg’ werd in 1480 verwoest en daarna verlaten.
Eind 15de eeuw kreeg ‘Nieuw Wageningen’ een ommuring, met poorten aan de uiteinden van de centrale Hoogstraat (de Rijndijk). De ongeveer parallel aan de Hoogstraat lopende Achterstraat (nu Herenstraat) ontwikkelde zich ook tot een belangrijke straat. Aan de zuidkant van de stad verrees in 1520-'26 een omgracht kasteel. In 1595 volgde langs de Rijn de aanleg van de Grebbedijk en werd de stad voorzien van wallen en zes bastions. De stad had in 1625 en 1662 te lijden van stadsbranden.
In 1725 werd het kasteel grotendeels gesloopt; op het kasteelterrein ontstond in 1882 het Bowlespark. De beide poorten verdwenen in 1828, waarna op de voormalige vestingwerken naar plannen van K.G. Zocher het Noorderplantsoen (1854-'55) en het Emmapark (1858) werden aangelegd. Op een deel van het Emmapark verrees in 1874 nieuwbouw. Na een dijkdoorbraak in 1855 werd de Grebbedijk rechtgetrokken en naar het zuiden verlengd. Belangrijk voor Wageningen was de oprichting van de Rijkslandbouwschool in 1876, de huidige Landbouwuniversiteit.
Gaandeweg breidde Wageningen zich naar het noordoosten uit, waar bij de Nassauweg rond 1910 een kleine villawijk ontstond en aan de Julianastraat rond 1915 een tuindorpachtige uitbreiding. Oorlogshandelingen in mei 1940 richtten vooral aan de oostzijde van de stad grote verwoestingen aan. Daarbij gingen onder meer de synagoge en de Doopsgez. kerk verloren. Naar plannen van A. Kraaijenhagen en J.T.P. Bijhouwer werd een wederopbouwplan gemaakt, dat onder meer leidde tot een ei-vormig plein rondom de kerk, waar nog tijdens de oorlog nieuwe bebouwing ontstond.
In 1944 leed Wageningen opnieuw aanzienlijke oorlogsschade. Op 5 mei 1945 aanvaardde de Canadese generaal Charles Foulkes in Wageningen de capitulatie van de Duitse strijdkrachten in Nederland. Na de oorlog kwamen vooral aan de noordkant nieuwe woonwijken tot stand. Aan de noordrand van de noordkant verrezen de gebouwen van de Dienst Landbouwkundig Onderzoek.
