(tegenover Academiestraat 14) in Harderwijk werd gesticht rond 1550 door de johannieters van de commanderij van St. Jan in 's-Heerenloo (Ermelo).
Na de Reformatie diende het refugium als aula van de Academie. Van het gebouw resteert het zogeheten Linnaeustorentje uit 1570, een laat-gotische achthoekige traptoren voorzien van nissen met accoladebogen en een ui-vormige spits. In een nis bevindt zich een 19de-eeuws borstbeeld van Linnaeus, die in 1735 in Harderwijk promoveerde. Bij de academie behoorde tot 1806 de nu gereconstrueerde Hortus met bijzondere Ginko-boom. Naast het torentje bevindt zich een poortje met fronton uit 1576, afkomstig van het refugium. Ook het mogelijk 16de-eeuwse huis aan de Hortus zal deel hebben uitgemaakt van het refugium. Het diende in de 18de eeuw als snijkamer en werd in 1976 gerestaureerd.