verontreiniging veroorzaakt door bacteriën, hetgeen vooral van belang is bij voedsel en water. Of water al dan niet verontreinigd wordt genoemd, is afhankelijk van de functie waarvoor men het water wil bestemmen.
Omdat bacteriologische verontreiniging kan bestaan uit vele soorten bacteriën en kwaliteitsbepaling voor elk van die bacteriesoorten afzonderlijk zeer tijdrovend is, werkt men doorgaans met indicator-organismen. Een bekend indicator-organisme voor de aanwezigheid van sporen van menselijke uitwerpselen in het water is de colibacteriëngroep. Men heeft voor diverse functies van water normen opgesteld op basis van het maximale aantal van de colibacteriëngroep dat in het water aanwezig mag zijn, uitgaande van een regelmatige monstername. Drinkwater mag gemiddeld minder dan 1 bacterie per 100 ml bevatten, zwemwater minder dan 240—2400 bacteriën per 100 ml en irrigatiewater minder dan 2,2 bacteriën per 100 ml (groentetuinen).Een beruchte vorm van bacteriologische verontreiniging is besmetting van drinkwater met kiemen van tyfus en cholera. Het water is de verspreidingsweg van deze ziekten, die in het verleden, en ook nu nog in vele landen van de derde wereld, talloze slachtoffers hebben gemaakt. De bacteriologische verontreiniging kan bestreden worden door een gecontroleerde afvoer van menselijk afval(water) en door desinfectie van drinkwater. Een veel gebruikte desinfectiemethode is het chloren.
