Coccejus, Johannes, Nederlands protestants theoloog en oriëntalist, *9.8.1603 Bremen, +5.11.1669 Leiden.
Coccejus werd in 1636 hoogleraar Oosterse talen in Franeker; in 1642 werd hij hoogleraar theologie in Franeker en in 1650 in Leiden. Hij nam stelling tegen het synodaal leergezag over de universiteit. Omdat hij de bijbel uit zichzelf wilde verklaren en niet uit dogmatische beginselen, werd hij van een onorthodoxe inslag verdacht. In 1660 kreeg hij met → Voetius een twist over het sabbatsgebod, de leer der genade en de vergiffenis van zonden. Zo ontstond de strijd tussen de coccejanen en de voetianen. De gematigde Coccejus vond steun bij de libertijnse Hollandse regenten.