Bogomilen noemt men de aanhangers eener secte der Grieksche Kerk in de 12de eeuw. Die secte was eene spruit van de Paulicianen en Eucheten. De naam schijnt afkomstig te wezen van Bog (God) en miloei (ontferm u).
Hunne leer was van dezen inhoud: Naast God was Satanaël, de eerstgeborene Gods geplaatst. Deze wilde onafhankelijk wezen van zijn vader en schiep een nieuwen hemel en eene nieuwe aarde, benevens den mensch, aan wien hij echter alleen een ligchaam kon geven. God ontfermde zich over den mensch en schonk hem iets van zijnen geest, zoodat Adam en Eva, in wie de vonk der godheid schitterde, weldra den nijd van Satanaël opwekten. Daarom verleidde hij Eva, en deze bragt den boozen Kaïn ter wereld. Weldra breidde nn Satanaël zijn invloed over de menschen uit en vervoerde hen tot allerlei misdrijven, zoodat slechts weinigen aan hunne bestemming beantwoordden.
Bij de Israëlieten deed hij zich voor als den hoogsten God en gebruikte Mozes als werktuig. Eindelijk ontfermde zich God over de menschen en zond Jezus op aarde om het rijk van Satanaël te vernietigen en diens plaats in te nemen. Jezus verscheen in een aetherisch ligchaam; Satanaël zocht hem te dooden, maar de doodgewaande vertoonde zich ten derden dage aan Satanaël in den vollen luister zijner waardigheid. Toen moest Satanaël voor hem nederbuigen en afstand doen van zijn gezag. Jezus nam nu de plaats in van Satanaël ter regterhand des Vaders, en de voormalige Satanaël, van goddelijken glans beroofd, verloor de hieraan ontleende benaming en werd kortweg Satan. Daar Jezus nu van de aarde verwijderd was, zond God den Heiligen geest derwaarts, en als door de kracht van dezen alle menschen tot den weg des heils bekeerd zijn, dan zal God die beide, uit Hem gesprotene magten weder in zich opnemen, zoodat alles tot de oorspronkelijke eenheid terugkeert.
De Bogomilen verwierpen doop en avondmaal, bestreden de vereering der heiligen en beschouwden zelfs de kerken als plaatsen, die den Almagtige onwaardig waren. Zij gebruikten de boeken des Nieuwen Testaments en slechts een gedeelte van het Oude, en hielden zich aan eene allegorische schriftverklaring.
Daar deze secte onder leeken en geestelijken weldra een groot aantal aanhangers telde, besloot de Byzantijnsche keizer Alexius Comnenus om haar te vernietigen. Hij wist aan één der voornaamsten, Basilius geheeten, het geheim harer leer te ontlokken en deed hem in den kerker werpen, waarna weldra vele anderen in hechtenis werden genomen. Om de schuldigen van de onschuldigen te onderscheiden, deed de Keizer 2 brandstapels oprigten en één van deze van een kruis voorzien. Aan allen werd aangezegd, dat zij moesten sterven, doch dat zij het in hunne keuze hadden, welken brandstapel zij wilden betreden. Natuurlijk snelden de Bogomilen naar den brandstapel zonder kruis; deze werden in de gevangenis opgesloten en de overigen in vrijheid gesteld, terwijl alleen Basilius voor zijne ketterij in de vlammen moest boeten.
Ook na dien tijd bleven de Bogomilen bestaan , maar het schijnt, dat men later daartoe evenzeer hen gerekend heeft, die de bijgeloovigen ceremoniën der heerschende Kerk bestreden. Een zekere monnik, Constantinus Chrysomallus genaamd, werd door eene synode, te Constantinopel in 1140 onder Johannes Comnenus gehouden, tot den brandstapel veroordeeld, omdat hij de leer der Bogomilen verkondigd had. Drie jaren later werden Clemens en Leontius, Bisschoppen in Cappadocië, om dezelfde reden afgezet, en de geleerde monnik Niphon in de gevangenis geworpen, hoewel hij de Bogomilen slechts daarin navolgde, dat hij het bijgeloof bestreed. Ook zijn beschermer, de vrome Patriarch Cosmos van Constantinopel, werd afgezet, en zelfs nog in de 13de eeuw verhief de patriarch Germanus van Constantinopel in eenige homiliën zijne stem tegen de verachting van het kruis, waaraan de Bogomilen zich schuldig maakten.
