Restrictiefragmentlengte-polymorfie; techniek voor de analyse van genetische variatie die zichtbaar wordt na knippen van DNA met restrictie-enzymen
RFLP is een moleculaire techniek die tegenwoordig niet vaak meer toegepast wordt omdat het erg bewerkelijk is en veel DNA vereist. Maar bij een aantal belangrijke ontdekkingen in de evolutie van de mens, zoals de “Out of Africa”-theorie uit 1987 en bij het bepalen van genoomsequenties in het Humane Genoomproject speelde RFLP een cruciale rol.
Als DNA geknipt wordt met restrictie-enzymen ontstaat een mengsel van fragmenten van allerlei lengtes. Deze kunnen via gel-elektroforese op grootte gescheiden worden en gedetecteerd met DNA-probes, d.w.z. speciaal gesynthetiseerde of gekloneerde stukken DNA die hybridiseren met specifieke sequenties in het doelwit-DNA, bijvoorbeeld VNTRs. Men noemt dit een Southern blot. Door de probes te labellen met $$$^{32}$$$P kunnen de fragmenten die de bedoelde sequentie bevatten met autoradiografie zichtbaar gemaakt worden en ontstaat een RFLP-profiel: een patroon van bandjes, dat kenmerkend is voor een bepaald DNA-monster.
Als je de RFLP-profielen van verschillende mensen naast elkaar legt blijkt dat er verschillen zijn; er is polymorfie. Die verschillen ontstaan door substituties in de herkenningsplaatsen van de restrictie-enzymen, variatie in het aantal herhalingen van een VNTR of inserties en deleties binnen de fragmenten. Naarmate twee RFLP-profielen meer op elkaar lijken (af te leiden uit het aantal overeenkomende bandjes) zullen die twee individuen meer aan elkaar verwant zijn. RFLP kan dus gebruikt worden als basis voor het opstellen van verwantschapsrelaties en fylogenieën.
Tegenwoordig wordt nauwelijks meer gebruikt gemaakt van radioactieve probes; men gebruikt fluorescente labels of immunologische herkenning. Het gebruik van RFLP om genomen te karteren is geheel vervangen door SNP-analyse.
