Twee dezelfde geslachtschromosomen dragend, zoals bij het vrouwelijk geslacht van zoogdieren
Bij veel dieren wordt het geslacht vastgelegd door een of meerdere chromosomen. Als bovendien beide geslachten diploïd zijn (zoals bij hogere dieren), zijn de geslachtschromosomen verschillend van elkaar. Er kan dan onderscheid gemaakt worden tussen het homogametische geslacht (dat twee dezelfde geslachtschromosomen heeft) en het heterogametische (dat twee verschillende geslachtschromosomen heeft). Bij zoogdieren en ook bij de mens is de vrouw het homogametische geslacht (genotype XX) en de man het heterogametische (genotype XY). Dat is ook bij veel insecten zo. Bij vogels en enkele reptielen is het echter andersom; daar zijn de mannen homogametisch (ZZ) en de vrouwen heterogametisch (ZW).
Doordat het Y- en W-chromosoom nauwelijks genen bevatten, zou een verschil in gendosering kunnen ontstaan tussen de geslachten, omdat het homogametische geslacht twee complete geslachtschromosomen heeft. Dit verschil wordt voorkomen doordat in het homogametische geslacht de expressie van genen bij een van de twee X-chromosomen actief onderdrukt wordt. Dit staat bekend staat als “doseringscompensatie”. Welk van de twee chromosomen geïnactiveerd wordt lijkt volkomen lukraak te zijn. De X-inactivering vindt plaats tijdens de vroege embryonale ontwikkeling, als het embryo al uit meerdere cellen bestaat. In sommige lichaamscellen zal daardoor het vaderlijke en in andere het moederlijke X-chromosoom geïnactiveerd worden.
X-inactivatie is een epigenetisch proces dat histonmodificaties en DNA-methylering omvat. Ook bij mannelijke vogels gebeurt dit, al lijken daar niet alle genen op één van de Z-chromosomen geïnactiveerd te worden. Bij de mens is het geïnactiveerde X-chromosoom zichtbaar onder de microscoop als “lichaampje van Barr”, een stuk heterochromatine dat continu gecondenseerd blijft.
