De geschiedenis der farmacie is even oud als die der geneeskunde. De geneeskundigen pasten de natuurlijke producten toe die werkzaam gebleken waren ter genezing van het zieke organisme.
De wijze waarop de geneeskracht van deze natuurproducten gevonden is, is niet bekend. In ieder geval moet dit langs empirische weg reeds in de oudste tijden plaats gevonden hebben, doch naast het toeval moet het instinct de oudste bewoners der aarde geleid hebben in de keuze der relatief weinige juiste, althans bruikbare, middelen.
Deze keuze en vooral de dikwijls zeer omslachtige behandelingswijze van het materiaal, nodig om het effect zo groot mogelijk te maken, worden met het woord empirie of instinct wel zeer simplistisch gekenschetst.De ontwikkeling van de experimentele chemie tegen het einde van de 18de en in het begin van de 19de eeuw luidde een nieuw tijdperk van de farmacie in. Tot die tijd hadden de farmaceuten zich in hoofdzaak bezig gehouden met de bereiding van de aloude zogenaamde galenische praeparaten, al was de Zweed Scheele reeds in het midden der 18de eeuw geslaagd in de afscheiding uit plantaardig materiaal van een aantal zuren als oxaalzuur, appelzuur, wijnsteenzuur en citroenzuur.
In 1803 isoleerde de farmaceut Derosne uit opium voor de eerste maal een stof met alkalisch karakter, nl. de narcotine. Deze ontdekking maakte echter evenmin als de in het volgend jaar plaatsvindende isolering van een andere soortgelijke stof door de Franse apotheker Seguin veel indruk, daar de onderzoekingen van Scheele bijgedragen hadden tot de vorming van de mening, dat in planten slechts zure of neutrale stoffen zouden voorkomen.
Eerst in 1817 slaagde de Hannoveraanse apotheker Sertürner er in het bewijs te leveren, dat de stof van Seguin, de morfine, een vertegenwoordiger van een geheel nieuwe groep van fysiologisch zeer actieve stoffen, de alkaloieden, was. Tot deze groep bleken ook te behoren de stoffen, die in deze zelfde tijd verkregen waren uit de kinabast door de Portugees Gomes en de Fransen Pelletier en Caventou en door de laatstgenoemde ook uit de zaden van Strychnos-soorten.
De ontdekking der alkaloieden werd spoedig gevolgd door die der glycosiden, waarvan de door Leroux in 1830 uit de wilg geïsoleerde salicine de eerste vertegenwoordigster was, terwijl ook reeds spoedig de werkzame glycosiden van het vingerhoedskruid, weliswaar in zeer onzuivere vorm, door Homolle en Nativelle werden bereid.
De vondst van deze stoffen, waarvan al spoedig was gebleken, dat zij de geneeskrachtige werking van de betrokken planten konden verklaren — de werkzame bestanddelen, ‘les principes significatifs’, zoals Dumas ze noemde—had belangrijke consequenties voor de farmacie.
In de eerste plaats werd door deze ontdekkingen de chemische waardebepaling van vele natuurlijke grondstoffen en de daaruit bereide extracten en tincturen mogelijk gemaakt, waardoor het stellen van minimumeisen aan de grondstoffen en het standaardiseren van de galenische praeparaten, althans in principe, mogelijk werd. Vervolgens werden deze min of meer zuivere alkaloieden en glycosiden in stijgende mate in de therapie toegepast, waar zij veel oudere praeparaten geheel of ten dele gingen vervangen.
Tenslotte leidde het verder chemische onderzoek van deze stoffen tot pogingen ze kunstmatig te bereiden en gaf dit onderzoek de stoot tot de ontwikkeling van de farmaceutisch-chemische industrie. Bij de bestudering van de chemische afbraak van de alkaloieden uit de kinabast werd in 1843 het chinoline gevonden en de aanwezigheid van aniline vermoed. Deze stoffen vormden jarenlang de uitgangspunten bij pogingen tot de synthese van kinine. Deze pogingen mislukten echter, doch wel hadden zij zeer belangrijke gevolgen, daar Perkin bij zijn pogingen om aniline als grondstof voor de synthese te gebruiken op het spoor der zogenaamde anilinekleurstoffen kwam, terwijl Duitse onderzoekers omstreeks 1880 in het acetanilide, de fenacetine en de antipyrine geneesmiddelen vonden, die hun waarde als antipyretica en antineuralgica tijdens de grote griepepidemie van 1889konden aantonen. Al was het oorspronkelijke doel, de bereiding van stoffen die de volledige kininewerking ontvouwen, niet bereikt en moest het tot 1926 duren alvorens het gelukte op basis van de chinolinekern een geneesmiddel op te bouwen, dat een deel der kininewerking vertoont, het plasmochine, terwijl de synthese van de kinine eerst in 1944 door de Amerikanen Woodward en Doering verwezenlijkt werd, toch was wederom een mijlpaal bereikt in de ontwikkeling van de farmacotherapie en dus ook van de farmacie. Immers de geneeskunde ging in steeds stijgende mate gebruik maken van de langs synthetische weg bereide geneesmiddelen, waardoor de beoefening van de artsenijbereidkunst uiteraard een ingrijpende wijziging onderging.
