werd in het jaar 1571 gehouden, dus in een tijd, toen de Nederlandsche Gereformeerde kerken deels „onder het kruis” zaten, deels heinde en verre verstrooid waren. De behoefte der Gereformeerden, om hun innerlijke eenheid uit te spreken en hun gemeenschap in het uitwendige te bevorderen, is een krachtig motief geweest voor het bijeenroepen dezer Synode.
Ook dreef hen het verlangen om tot vastheid in de kerkregeering en tot een schriftuurlijke Kerkenorde te geraken, die in de dagen der zoo vurig begeerde vrijheid zou kunnen worden gebruikt. Het voorloopig karakter van het Convent te Wezel (1568) riep om een definitieve vaststelling.
Het officieuse moest officieel worden.Vooral aan de bemoeiingen van Filips van Marnix van Sint Aldegonde is het te danken, dat de Embdensche Synode in 1571 is gehouden. In Embden kwamen niet, gelijk op het Convent te Wezel (1568), private personen samen, die geen last of volmacht hadden om besluiten te nemen, maar kerkelijke afgevaardigden, die de Gerereformeerde kerken onder het kruis en in de ballingschap vertegenwoordigden.
Dat Embden als vergaderplaats gekozen werd, vond zijn oorzaak hierin, dat deze stad als een „Herberg der gemeente Gods” en „Moederkerk der Kerke Gods” bekend stond; ook lag Embden voor het beoogde doel bizonder gunstig. De dag der opening van de Synode werd op 1 October vastgesteld, omdat men niet in den winter vergaderen kon, de jaarmarkt te Embden juist in dezen tijd viel, waardoor de reisgelegenheden gemakkelijker waren en de vergadering ook minder de aandacht van de vijanden zou trekken.
Toch werd de Synode eerst den 4den October 1571 geopend, omdat de broeders eenige dagen hebben gewacht op de aankomst van de afgevaardigden uit de vluchtelingen-kerken in Engeland (die echter niet verschenen) en ook omdat men „alle dingen so raw vond”, dat wil zeggen zóó onvoorbereid, dat eerst nog tal van beletselen moesten worden uit den weg geruimd.
Den 4den October 1571 des namiddags werd dus de eerste bijeenkomst gehouden. Gewoonlijk neemt men aan, dat de Synode tot den 13den October heeft geduurd. De namen van hen, die ter vergadering tegenwoordig zijn geweest, zijn bewaard gebleven. Er waren 19 dienaren des Woords, 3 toekomstige predikanten, 5 ouderlingen en 2 waarschijnlijk emeriti-predikanten. Vertegenwoordigd waren de Gereformeerde kerken van Aken, Emmerik, Frankenthal, Heidelberg, Keulen, Wezel, Nederland en Embden. Het praesidium werd opgedragen aan Gaspar van der Heyden; assessor werd Jean Taffin, terwijl Joannes Polyander als scriba fungeerde.
De Embdensche Synode wordt volkomen terecht als een nationale of generale Synode beschouwd, wier besluiten voor alle kerken bindend waren.
Ten onrechte meent men, dat deze Synode een gansch anderen geest ademde dan het Convent te Wezel. Men vergeet, dat de mannen te Embden, als deputaten van kerken, met gezag konden spreken en handelen.
De acta van Embden (men sprak in die dagen nog niet van kerkenordening) dragen een presbyteriaal-synodaal karakter. Ze vertoonen groote overeenkomst met de Fransche kerkenorde van 1559, maar zijn geen slaafsche navolging van deze.
Aanstonds poneerde men in Embden het zuiver Calvinistisch beginsel dat er in de kerk des Heeren van eenige hiërarchie geen sprake mag zijn. Een groote gemeente heeft geen voorrang boven een kleine of hulpbehoevende kerk, ook al ontvangt deze ondersteuning. Ook onder de ambtsdragers mag geen opklimming in macht gevonden worden. De kerkeraad en de meerdere vergaderingen zijn geen bestuurscolleges. Alle regeermacht in de kerk moet zuiver dienend van aard zijn. De gemeente zelve is feitelijk bezitster van de kerkelijke macht, al oefent zij die door haar organen, de kerkelijke ambten, uit.
Daarom heeft de gemeente het recht critiek te oefenen op de handelingen van den kerkeraad. De ambten zijn er alleen om de kerk.
Grooten nadruk legt de Embdensche Synode op de discipline of kerkelijke tucht. Hier geldt de regel van Mattheüs 18. Bij de toepassing der tucht moet onderscheid worden gemaakt tusschen verborgen en openbare zonden.
Vooral heeft de Embdensche Synode gepoogd in den chaos van het kerkelijk leven orde te scheppen. Was het Convent te Wezel (1568) in de omschrijving van de ambten uitvoerig geweest, de Synode van Embden gaf in deze materie slechts de hoofdbeginselen aan, maar stippelde weer uitvoerig de lijnen van het kerkverband uit. Behalve de kerkeraden, zouden erclassicale en synodale samenkomsten zijn. De besluiten van de meerdere vergaderingen zouden bindend gezag hebben, behoudens het recht van beroep. Heeft echter de Generale Synode een uitspraak gedaan, dan moet het hoofd worden neergelegd. Elke kerk is wel zelfstandig, maar toch steeds te denken als deel van een organisch geheel. Ook het kerkverband heeft zijn rechten.
Bij de verkiezing van ouderlingen en diakenen schreef de Embdensche Synode meer de aristocratische manier, welke ook in de Fransche kerken gevolgd werd, voor. Ouderlingen en diakenen zouden twee jaar dienen en elk jaar zou de helft aftreden, welke bepaling door de volgende Synoden werd overgenomen.
Tevens werd bepaald, dat in kerkelijke samenkomsten geen andere dan kerkelijke zaken zouden behandeld worden. Een poging van Prins Willem I om ook politieke zaken in Embden behandeld te zien, werd dan ook door de Synode niet bevorderd; ze zweeg, om den Prins niet te krenken.
Ook sprak de Synode uit, dat alleen die dingen, welke het geweten raken, met Gods Woord moesten worden bevestigd; die op kerkenordening betrekking hadden of middelmatige zaken niet.
Eveneens heeft deze Synode de Nederlandsche kerken, die in drie provinciën (n.l. Duitschland met Oost-Friesland, Nederland en Engeland) onderscheiden werden, aanvankelijk in dassen ingedeeld.
Verder omschreef ze in negen artikelen wat de classe te doen had. De zaken der instructies moesten in deze volgorde behandeld worden: eerst de zaken aangaande de leer, dan die aangaande regeering en tucht, en eindelijk de varia.
Uit het voorgaande en vooral uit de acta der Embdensche Synode zelve blijkt, dat zij een zuiver Gereformeerd karakter droeg. Ook was zij van groot belang, omdat zij den grondslag voor het kerkverband heeft gelegd en de eerste regelingen voor de kerkelijke orde heeft vastgesteld, al moet erkend, dat deze regelingen nog in vrij bonte wanorde door elkander staan. Overal, zoowel in de vluchtelingen-kerken als in de kerken onder het kruis, werden de besluiten van Embden met instemming ontvangen. De broeders in Engeland verklaarden later, dat zij de acta van Embden gaarne hadden onderteekend, indien het hun mogelijk was geweest.
De Synode van Embden was ongetwijfeld de grondleggende vergadering voor de Gereformeerde kerken in Nederland. De door haar uitgesproken beginselen zijn onmisbaar voor het wezen en het welwezen van de kerk van Christus.
