Geboren 3 Maart 1520 te Altona in Istrië (vandaar de bijnaam Illyricus). Hij studeerde in Venetië en wilde monnik worden.
Door den Lutherschgezinden monnik Baldus Lupetinus (later martelaar geworden) werd hij op Luther gewezen. Hij kwam naar Bazel, waar hij in den omgang met Grynaeus en Oporinus talen leerde.
Na een jaar aldaar geweest te zijn, vertrok hij naar Tübingen en een jaar daarna naar Wittenberg, waar de Evangelische leer van de rechtvaardigmaking door het geloof alleen hem na zwaren zielestrijd tot rust deed komen. In 1544 werd hij professor in het Hebreeuwsch te Wittenberg.
In 1545 trad hij in het huwelijk. Later bestreed hij van Maagdenburg uit met heftigheid Melanchton en diens school.
In 1558 werd hij professor te Jena. De poging tot vereeniging tusschen de Evangelische vorsten te Frankfort (1558) en te Naumburg (1561) deed hij mislukken.
Hij was een der saamstellers van het z.g.n. Konfutationsbuch (1559) Solida confutaüo et condemnatio praecipaarum corruptelaram sectarum etc., een veroordeeling van al de afwijkingen van de Luthersche leer, want voor Luthers leer stond hij pal.
Hij gedoogde niet één afwijking van die leer.
Daardoor kwam hij in Jena in strijd met zijn collega Victorinus Strigel in den Synergistischen strijd.
Na het colloquium te Weimar (1560) waar Flacius zeide, dat de erfzonde tot het wezen van den mensch behoorde, werd hij in 1561 van zijn ambt ontzet. Hij was de medewerker aan de z.g.n.
Maagdenburger Centuriën. Flacius had een onbuigzaam karakter.
Van zekere hardheid en stijfhoofdigheid is hij niet vrij te pleiten. Voor de echte Lutheranen was hij een zeer gewenschte kampioen.
Hij wilde van geen fusie noch naar de zijde van Rome noch naar de zijde van het Calvinisme weten. Hij wilde Luthersch zijn en blijven.
Wat hij was, dat wilde hij geheel en ongedeeld zijn.
