Er waren, voordat de eigenlijke Boerenkrijg uitbrak, al dikwerf woelingen geweest onder den boerenstand (1502 en 1514). De oorzaak van deze woelingen was, dat de boeren door den adel niet rechtmatig behandeld werden.
Zij moesten hooge belastingen betalen en zij moesten vele rechten derven. Nadat de Reformatie begonnen was, werd het verzet der boeren niet minder.
Dit lag niet aan de Reformatie, zooals nu nog velen zeggen, maar wel is het waar, dat de onderdrukte boeren zich op enkele beginselen der Reformatie beriepen, waar trouwens niets tegen te zeggen was. Hun toestand op sociaal gebied was verre van benijdenswaardig.
Het is onbillijk, wanneer men niet een open oog heeft voor de destijds bestaande misstanden. Gematigden onder de boeren stelden 12 artikelen op „aller Bauerschaft” waarin gevraagd werd om opheffing der lijfeigenschap (Coll. 3 : 11); vrijdom van visch- en jachtrecht (Gen. 1 : 28); vrije keuze van predikanten enz.
Zij wilden van al deze eischen afzien, wanneer deze niet in Gods Woord gegrond waren en zij riepen Luther, Melanchton e. a. tot scheidsrechters op. De Schwäbische vorstenbond verwierp deze 12 artikelen.
De ontmoedigde boeren kwamen nu onder den invloed van revolutionaire geesten, gedeeltelijk voortgekomen uit de Wederdoopers. Zoo begon de boerenkrijg.
Op 16 April 1525 werd Weinsberg veroverd en graaf Helfenstein gruwelijk vermoord.
De opstand, waarvan de zetel in Schwaben en Franken lag, plantte zich voort naar het Oosten (Oostenrijk), naar het Westen (Elzas) en naar het Noorden (Saksen en Thüringen).
In de laatstgenoemde landen stelde Thomas Münzer zich aan het hoofd der oproerigen. Erfurt opende de poorten voor hen.Luther had eerst medelijden met de onderdrukte boeren. Hij schreef in 1525 zijn Vermaning tot den vrede op grond der 12 artikelen der Bauerschaft in Schwaben. In dit geschrift wees' hij den onderdrukkers zoowel als den onderdrukten hun plaats aan. Toen echter onder de boeren een revolutionaire geest openbaar werd, en zij, tegen alle wet en regel in, zich aan moord en diefstal gingen schuldig maken, beproefde Luther eerst nog met zijn woord de oproerigen in bedwang te houden; maar toen dit hem niet gelukte en hij zelfs met levensgevaar uit hun midden ontkwam, begon hij de overheid te vermanen, om het van God haar geschonken zwaard te gebruiken. Landgraaf Filip verbond zich, nadat hij in Hessen den opstand gedempt had, met Heinrich van Brunswijk, George van Saksen en den graaf van Mansfeld, om de beweging te onderdrukken. Een schare van boeren, 8000 in getal, werd bij Frankenhausen (1525) door de vereenigde vorsten verslagen. Münzer en zijn vriend Pfeiffer werden onthoofd, en 100.000 boeren werden helaas het slachtoffer van deze revolutionaire beweging.