Segregatie betekent letterlijk scheiding en kan in verschillende contexten een andere betekenis hebben. Segregatie is het tegenovergestelde van integratie.
In de sociologie spreekt men van segregatie van mensen in ras of sekse. Er wordt dus onderscheid gemaakt in groepen op basis van afkomst of geslacht. Van rassensegregatie was bijvoorbeeld in de Tweede Wereldoorlog sprake toen de Joden tot een aparte bevolkingsgroep werden afgescheiden. Hetzelfde geldt voor de slavernij in Amerika. De slaven uit Afrika werden behandeld als een aparte bevolkingsgroep op basis van hun afkomst.
In de sociale geografie vindt segregatie plaats door groepen die zich cultureel met elkaar verbonden voelen. Een culturele groep zondert zich af van de rest van de maatschappij, bijvoorbeeld in bepaalde wijken waar allochtonen elkaar opzoeken. Maar ook Nederlanders die gaan emigreren en vervolgens met andere Nederlanders in één wijk gaan wonen, valt onder segregatie.
