In quarantaine betekent dat men alle middelen toepast om te verhinderen dat een besmettelijke ziekte bij mens of dier, een gebied binnendringt. Hiervoor is afzondering vaak noodzakelijk.
In de twaalfde eeuw brachten kruisvaarders onbedoeld de besmettelijke ziekte lepra naar West-Europa. Deze mensen, die vaak ernstig misvormd waren, werden buiten de stadsmuur in quarantaine gebracht in zogenaamde leprozenhuizen. Het in quarantaine plaatsen van mensen gebeurde ook binnen de stadsmuren zoals in het Amsterdamse werkhuis. Aan het einde van de jaren negentig van de 20e eeuw speelde de varkenspest een grote rol in Europa. Uit voorzorg werden pas aangekochte varkens in quarantaine gesteld, om te verhinderen dat andere dieren geïnfecteerd zouden worden.
Een ander voorbeeld is dat vroeger alle honden in het Verenigd Koninkrijk eerst voor zes maanden in quarantaine gesteld werden. Met de invoering van dierenpaspoorten wordt in de 21e eeuw een nieuw systeem toegepast. Dieren mogen het land pas binnen als men een bewijs heeft dat de dieren binnen een bepaalde periode zijn gevaccineerd.
